第一，最直觀的就是，萬噸船隊的通航時間將從每年的五、六個月，減少到四、五個月；第二，如果再仔細研究一番，這個方案可能會使萬噸船隊直抵重慶的目標，化為烏有。每年十一月份，宜昌站的月平均徑流量只有二百六十三億立方米，除去要向下游提供必要的流量，已經不可能再有二百二十一億立方米的水供水庫存儲用了，這樣水位就到不了正常蓄水位一百七十五米，也保證不了萬噸船隊到達重慶的航運需要。
推遲蓄水，就會影響發電，也會影響對下游流量的補給。這個方法在目標不改的情況下，無法接受。剩下的只有工程整治一條措施，魔高一尺，道高一丈，有錢便往下投就是了，淤多少，挖多少，反正這筆錢，不會算到三峽工程的投資上去。美國加利福尼亞貝克萊大學地質教授利奧帕德撰文說，長江三峽是世界上最大的實驗室，這裏進行的是一項未被證明能夠獲得成功的實驗。
破壞重慶市原有排水系統，增加甲烷爆炸威脅。在日常生活中，將用過的水排入城市排水管道中，然後又排入天然河流，是極為普通之事，重慶市的廢水，都排入長江。那麼，當長江在重慶處的水位抬高十幾米，重慶市的排水口都將被淹沒在長江水位之下，重慶市的排水受淹堵，排水不暢，這樣排水管道中將充滿沼氣，隨時都有爆炸的可能，因此，重慶水位的抬升，將迫使重慶必須改建全市的排水道系統。城市更新，城市改建，這些項目對一個城市尚能承擔，但要迫使一個老城市改建全部的排水道系統，將在財政上難以負荷。
二○○七年夏，暴雨襲擊重慶市。此時，重慶市排水道系統的出水口水位，受三峽水庫蓄水影響而抬高，造成排水管道的實際水力坡度減少，排水系統能力大為縮減，致使重慶市區許多建築被淹，馬路被阻。增加重慶庫區水污染 影響周圍地區飲用水供應三峽大壩建設之前，長江水的流速比較大，河流自然淨化的能力非常強，而三峽工程的興建，使水的流速降低，自然淨化污水的能力也就降低，增加重慶庫區的水污染，影響周圍地區的飲用水供應。
一九九二年，於中共全國人民代表大會審議三峽工程方案之時，四川省程貽舉、楊東喬等三十二位代表，聯名向大會主席團提交了一份「請求專題研究和評價三峽工程對重慶市的經濟和環境影響」議案。當時重慶市並未提升為中央直轄市，行政上還屬於四川省領導，四川省人大代表團中包括來自重慶市的代表。
三十二位代表在議案中指出：「三峽工程不利影響主要在庫區。重慶港處於水庫回水變動區，三峽工程的建設與重慶市的經濟發展和環境有密切關係，但究竟影響程度有多深，範圍有多大，以前從未進行過系統的專題研究。世界上至今還沒有一座大型水庫是在一座特大型城市的邊上，國內外都沒有經驗可借鑑。儘管十多年來有關部門對三峽工程做了大量的調查研究、環境評價、模型試驗，提出了一系列的報告，在報告的一些地方也涉及到重慶問題。但我們認為，研究尚不深入、不全面，有些不利影響還估計不足，對策措施上還嫌籠統，不夠有力。如果我們在這個問題上稍有失誤，給重慶市帶來的後果是不堪設想的，同時還會給子孫後代留下後患。」
同樣，重慶大學和四川科技大學，也對三峽水庫對重慶市的淹沒影響作過研究，得出了和三峽工程論證不同的結論。可見，直到一九九二年，四川省人大代表，針對重慶市委書記肖秧以重慶市委和重慶市政府的名義，向中央政府要求將三峽水庫的正常蓄水位從海拔一百五十米增加到海拔一百八十米是一直持反對意見的，原因很簡單，加高三峽水庫的蓄水位，對重慶市危害很大。李銳在全國人民代表大會通過興建三峽工程議案後，給中央寫信，要求盡早為重慶準備後事。
為此，錢正英專門代表中共中央和國務院到四川省代表團做工作，作解釋，錢正英擔保在建設三峽大壩之後，百年洪水不會影響重慶市。她說，中共中央政府同意在批准三峽工程議案之後，對重慶市的淹沒影響再做研究，也會邀請重慶大學和四川科技大學參加。希望四川省的代表們和中央保持一致，支援三峽工程的建設。四川省人大代表不相信官拜全國政協副主席的錢正英會欺騙他們；但是三峽水庫蓄水後的事實證明，正是錢正英欺騙了他們。
原四川省水利電力廳廳長、政協副主席張廣欽曾就三峽工程多次向中央上書，他以從事水利電力幾十年的經驗指出：有人說要保下游一千萬人口，但三峽修好解決不了武漢一盆水問題，也解決不了荊江分洪問題，且目前對上游危害也考慮得不夠。長江主河流中段建大壩不可取，鯀治水的老路──堵的辦法，是效法不得的。
現代苦肉計
三國演義中周瑜火燒赤壁是最精采的以小勝大、以弱勝強的戰例。赤壁大戰中東吳老將黃蓋上演一場苦肉計，讓曹操上當，功不可沒。周瑜打黃蓋，一個要打，一個願挨。板子打在黃蓋的屁股上，後來黃蓋立功，加官晉爵，也是獎賞分明。重慶市市委書記肖秧也上演了一場苦肉計，後來也從重慶市市委書記升到四川省省長。只是肖秧的苦肉計和黃蓋的苦肉計有一點不同，周瑜打黃蓋，黃蓋被打得皮開肉綻。而肖秧的苦肉計中，吃苦的不是肖秧，而是重慶市的居民和他們的子孫後代，這就是現代和古代苦肉計之區別。
但是善有善報，惡有惡報。肖秧雖然當上了四川省省長，但是在接下來的中共中央全會上，中央委員的選舉中，成為中華人民共和國史上罕有的幾名儘管通過差額選舉，卻被淘汰的候選人，致使心情不暢，憂鬱得病。縱然李鵬後來又將國務院三峽工程建設委員會副主任的官銜送給他，但是也未能阻止肖秧早逝的命運。
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