這段時間裏，陸欽侃在許多書刊上發表文章，陳述不贊同三峽工程的理由。他和其他政協委員一起，揭露了一九七五年河南板橋、石漫灘水庫和其他五十餘座水庫潰壩，造成二十三萬人死亡的事實。這次水庫潰壩事故所造成的死亡人數，是一九五四年長江洪水死亡人數的七倍。而這個被中共掩蓋了十二年的悲劇，至此才終於揭開冰山的一角。
一九八九年六四事件之後，一些人把陸欽侃等政協委員反對三峽工程、接受戴晴等人採訪、以及在戴晴主編的書中發表文章之事，上綱上線，並給其所在黨委寫信寄材料，供「單位在清查和考察幹部時」參考。陸欽侃等人因而受到不公正的對待。一九九二年，全國人民代表大會和全國政協審批討論三峽工程提案時，陸欽侃等也沒有發表不同意見的機會。就在一九九三年全國政協換屆時，來自共產黨的全國政協委員如原計委副主任林華，原中國銀行副行長喬培新，原中國人民解放軍總後勤部副部長胥光義，原交通部副部長彭德，原商業部副部長王興讓等，因在公開場合反對三峽工程，以致被取消全國政協委員資格。
這是共產黨的紀律。對反對三峽工程的民主黨派代表，讓其繼續留任，如周培源、孫越崎、陳明紹、羅哲文等，此為共產黨的統戰路線。陸欽侃，一介書生，是無黨派人士，根據統戰路線，本應該按照民主黨派人士的辦法處理。但有些人對陸恨之入骨，尤其陸為長江洪水問題的權威，說話有份量，有人相信。所以就把陸欽侃按照共產黨紀律的辦法處理，取消陸的委員資格，理由是已經連任兩屆，不宜再續任全國政協委員。
從一九八九年六月四日到一九九八年八月，陸欽侃沒有、也不能再於公眾場合對三峽工程發表不同的意見。而為了讓老人能度安定晚年，陸欽侃的子女們出面拒絕所有新聞界的採訪要求。
人為災難
一九九八年，長江大洪水，被一些新聞媒體稱為「世紀洪水」。這場災難，是天災還是人禍？江澤民在一九九八年抗洪勝利的總結表彰大會上特別強調指出：「今年發生這麼大的洪水，主要原因是氣候異常、降雨集中。也就是說，主要是天災造成的」。
這時，陸欽侃再也坐不住了，他接受了南方週末報記者的採訪，指出：造成一九九八年洪水災害的主要原因是人禍，是這些年來忽視長江堤防的維修和加固的結果，是這些年來，生態環境被破壞，水土流失的結果。這個災難性的結果，正是陸欽侃在十年前，陳述拒絕在三峽工程可行性報告上簽字的理由時已經告示過世人的。這不是歷史的巧合，而是歷史的必然。
陸欽侃指出，一九九八年的洪水並非什麼「世紀洪水」，它的洪峰流量比一九五四年的洪峰流量要小許多，從洪峰流量來看，還不到二十年一遇的洪水。一九九八年，當宜昌洪水流量還沒有達到常年洪水流量時，沙市的水位就接近歷史最高水位，這就說明，長江流域水生態環境被破壞得十分嚴重。一九八○年制定的長江中下游防洪規劃制定的目標，特別是加固長江大堤的工作，原計劃必須在一九八五年完成，可是到一九九八年還沒有完成，這不是人禍，難道是天災？
南方週末報以一個整版的篇幅，刊登了採訪陸欽侃的報告，在全國引起很大的迴響。一九九八年洪水之後，中共國務院不得不重新採納陸欽侃等的意見，把長江防洪的重點，重新放到加固加高長江大堤上，放到退耕還湖、恢復河流和湖泊的自然蓄洪能力上，放到在中上游地區的植樹種草和水土保持上。
二○○○年全國人大政協會議期間，由已經不是全國政協委員的陸欽侃先生組織起草的「關於三峽工程初期按一百五十六米蓄水位運行，驗證泥沙淤積，緩解移民困難的緊急呼籲書」由全國五十三名知名學者簽名，遞交中共中央領導人，在當時引起巨大反應。
調虎離山
調虎離山，原出自明朝馮惟敏《海浮山堂詞稿二上玉芙蓉（共二）》。原文為：使不了調虎離山計，當不得將軍八面威。虎是指強有力的對手，山是指有利於對手的地形和條件。如果將老虎從有利的地勢調開，這樣就有利於戰勝對手。
全國政協委員陸欽侃是中國真正的長江問題專家，也是最早從事三峽工程規劃的工程師，學問好，威信高，是三峽工程反對派的技術總顧問，對三峽工程主上派來說，陸欽侃顯然是最強的對手。同樣，原計委副主任林華，原中國銀行副行長喬培新，原中國人民解放軍總後勤部副部長胥光義，原交通部副部長彭德，原商業部副部長王興讓等，都是共產黨內各行各業的專家，他們對主上派而言，也都是危險人物。撤銷這些人全國政協委員的資格，使其失去全國政協的平臺，沒了資訊來源，無聚會可能，失去發言機會，更沒了視察的資金，如此，便也沒了要求中共國務院各部門對反對派提問，做出答覆的權力。此乃主上派之調虎離山，以利三峽工程上馬。
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