隨著基督教教堂的增多，美人魚的神話發生了巨大的變化。
歷史上異教徒崇拜的神遭受抑制的時期，美人魚和其它一些非自然生命並沒有被當作日益興盛的基督教信仰的威脅。基於兩種原因，一些作家甚至相信教堂信仰美人魚的神話。首先美人魚被當作罪的象徵，我們熟知的女妖精的標誌就是源於這種想法；其次是大量古代和當代作家關於美人魚存在的作品把這種信仰加入了在教堂發現的美人魚中。
在中世紀，美人魚手拿梳子及小鏡子似乎是最早的標記。這代表了一種能摧毀男人意志的女性的美。至此美人魚神話改變了幾乎神一般的地位以及不吉利女妖的印象，只存在一些美學價值。
中古時代早期的動物寓言有女妖而不是美人魚。由於這兩種生物被大眾混淆了，因此動物寓言集的作家也分不清二者，通常描述女妖長著美人魚的尾巴。美人魚在寓言Physiologus及隨後的作品中非常有名。人們都相信美人魚的存在，即使學者也不例外。
1403年，在西弗里斯蘭省，暴風雨過後，泥濘中發現了一個束手無策的美人魚。人們把她帶回去，給她穿衣服，餵她吃飯。據說她活了15年，期間多次試圖逃走；人們教她在十字架前下跪，可她一直不會說話。
拉斐爾在他的舊約聖經《歷代記》中寫道：在約翰或亨利二世統治時期，漁夫捉到一條人形魚，他不會講話，生魚熟魚都吃，兩個月後逃回海裡去了。1800年後就有了有關的圖片記載。
在文學作品中，美人魚是女子的代號，而非生物的名稱。美人魚成了一種比喻。喬叟在詩歌裡把她比喻成優雅的學者風度。莎士比亞在《過失的喜劇》在中寫道：
啊，可愛的美人魚，不要用你的音符，
把我淹沒在妹妹你的淚水裡：
唱吧，仙女，為了你，為了寵寵我自己。
在莎士比亞戲劇《仲夏夜之夢之二》裡，歐巴仁夢裡的美人魚不再用作比喻，也不在舞台上出現：
一次我高高地坐著，
聽見一個美人魚在海豚的背上，
吐出如此悅耳動聽的聲息，
在她的歌聲裡，粗魯的大海也變得彬彬有禮，
一些星星急切地從天際射來，
為了傾聽大海公主的音樂。
約翰在他質疑婦女忠貞的《歌》裡把美人魚看作神話人物多過尋找他認為婦女應有的忠貞。他寫道：
神，捉住那墜落的星，
……
教導我要麼傾聽美人魚歌唱，
要麼讓嫉妒刺痛我的心。(待續)@*
