黃萬里指出，錢正英（後被選為中國工程院院士）在水利方面是外行，是外行的行政領導，硬要充當內行領導技術，這是自找苦吃註。這擊中錢正英要害，因為錢正英在共產黨的高級領導幹部中是專家，在專家中是共產黨的高級領導幹部。
黃萬里沒有聽這位宗嫂的勸阻，而是積極地投身到三峽工程的評價之中。黃萬里在沒有一元錢科研經費的情況下，撰寫了多篇關於三峽工程的重要科學論文，它們是：
──《論長江三峽大壩建設的前提》
──《怎樣決定三峽大壩是否修建？》
──《長江三峽高壩永不可修的原由簡釋》
──《關於長江三峽礫石輸移量的討論》
──《關於長江三峽礫石輸移量的討論（續）》
──《籲請長江三峽大壩即日停工！此壩決不可修！》
──《關於長江三峽修建高壩可行性問題》
清華大學水利系教授楊鐵笙說：「一個國家做一項重大工程決策，投入上千億元的超級工程，涉及整個國家的經濟發展、社會穩定、環境保護等等，應該採取什麼方法來論證是十分重要的。從黃先生的情況來看，他有截然相反的見解，為什麼不可以給點科研經費，給點必要的條件，讓他深入進入研究呢？哪怕這個研究結論可能是錯的，為了把事情考慮得更周密，為了留有適當的餘地和空間，也並非完全多此一舉。」
黃萬里三次上書
一九九二年以後，黃萬里三次給中共中央總書記江澤民寫信，陳述三峽工程永不可建的道理：
第一，在長江上游，影響河床演變的造床質是礫卵石，不是泥沙，修壩後將一顆也排不出去，十年內就可堵塞重慶港，並向上游延伸，汛期淹沒江津、合川一帶。現報告假定礫卵石不動，以泥沙作模型試驗，是錯誤的。
第二，中國水資源豐富，時空分佈也合適。中國所缺的是供水足夠地區的耕地。水庫完成後淹地五十萬畝，將來更多，用來換取電力，實不可取。
第三，三峽大壩經濟可行性是根本不成立的。它比山區大中型電站每千瓦投資要貴兩三倍。報告中的經濟核算方法是錯誤的。
第四，三峽水庫對長江中下游防洪雖然有些幫助，但效果不大。蓄清排渾的代價是使排洪工程加大，守堤防汛期加長，而所利用的電能大減。長江防洪迫在眉睫，應該浚治。
黃萬里要求中央領導給他三十分鐘的時間，講解其中的道理；但黃萬里直到去世，也沒有得到江澤民和中央領導的回應。
一九五七年在黃河三門峽工程爭論上，黃萬里還有七天的時間，可以公開發表意見，舌戰群儒，然到了三峽工程爭論上，他連三十分鐘的機會也沒有。
一九九四年底，三峽工程正式開工。一九九五年黃萬里悲痛寫下「哭長江三峽大壩開工」詩一首：
生在江頭吞海口，心憂三峽壩工久。
東來雲氣滿巴蜀，西仰江流灌畦畝。
衍溢淫浸焊生物，含泥潤溽灘塗厚。
江南江北倉廩實，溪溝遍通九州阜。
巨舸遠洋直駛漢，千噸汽艇萬渝走。
湘資沅澧雲貴川，坡陡能豐足稱首。
縱遇漏天蛟龍虐，長堤千里差堪負。
環球巨浸一何多，獨此優遊世罕有。
三峽谷深流亦豐，招來造壩建奇功。
攔洪發電兼添航，詔謂人間第一工。
孰料此江床滿石，火成鵝卵逐流中。
巫山著意催雲雨，江水亡情沙石沖。
庫尾沉淪渝港塞，延伸溢岸泛濤洪。
楚王愁看移民苦，遷鯫爭功脅眾從。
樗散衰儒不曉機，再三抗疏議陳窮。
但聞猛虎千家哭，悵望輪台悔詔空。
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