針對三峽工程建設能促進庫區柑桔發展的觀點，侯學煜提出相反的論據。三峽工程主上派把三峽工程農村移民安置，寄託在柑桔發展上，認為水庫的形成會使冬季絕對最低溫度提高，對柑桔越冬有利，並可以擴大栽種面積。
對此，侯學煜指出，三峽水庫所要淹沒的幾十萬畝土地，是沿河階地上肥料較高的沖積土，含磷量豐富，舉世無雙，土地資源損失十分嚴重。在坡度上開墾，只會加大水土流失，後果不堪設想，而且開墾的坡地土層淺薄，肥力低下。另外由於三峽大壩高一百八十米，柑桔園被迫遷移到海拔更高的地區，由於氣溫是隨著海拔高度的增加而降低，對柑桔的生長和越冬都不利。說三峽工程建設能促進庫區柑桔的發展，難以令人理解。
關於泥沙淤積問題，侯學煜首先對長江水利委員會提出的論點──長江三峽段的泥沙量在二十世紀五十年代以來沒有發生變化──進行了批判。侯學煜說，現在上游各支流全年含有大量泥沙的渾濁河水，與五十年代冬季碧清河水，形成鮮明對照，此為一客觀存在的事實。
因此，水庫建成之後，突然沖刷不僅影響水庫的壽命，且泥沙淤積抬高河床，對上游航運發生阻礙，乃是不可避免的。三峽工程給長江航運帶來的好處，只不過是改變大壩以上三百公里的航運，但大壩距重慶六百公里，重慶以東三百公里因回水變動的泥沙淤積，縱使水庫「放水拉沙」，也不會拉到涪陵、長壽、重慶等上游一帶的河床泥沙，因而重慶有可能成為死港，其結果必然阻礙西南經濟發展。
此外，侯學煜指出三峽工程將引起海水倒灌，太湖一帶鹽鹼化，破壞魚類資源，特別是特有魚種有可能滅種。同時，水庫建成，水流流速減小，自淨能力減弱，庫區水環境污染亦會加重。
侯學煜還進一步提出三峽地區綜合地質災害的理論，此部份將於後文再述。
註：退墾還湖，中國政府片面強調糧食生產，把湖泊、濕地開墾為農田，破壞了自然生態系統，占據了水的空間，增加了洪水災害，典型的例子便是對洞庭湖的圍墾。一九九八年長江洪水之後，中國政府提出退墾還湖，就是放棄已經圍墾的農田，恢復原有的湖泊、濕地。
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