侯馬二人 意見紛歧
侯學煜為一介書生，不諳官場技巧。但馬世駿則任所長多年，在科協許多分會擔任負責人職務，通曉官場奧妙。針對生態環境專業組，關於三峽工程對生態環境影響的初步結論是弊大於利，三峽工程論證領導小組在專業組長會議上，已有所了解。並且通過論證領導小組對馬世駿的工作，致使馬世駿的立場出現變化。
馬世駿知道，把「弊大於利」的結論交上去，三峽工程論證領導小組肯定不會接受，作為組長，也就等於沒有完成上級所交代的任務。但要得出領導所希望的「利大於弊」，參加論證的多數專家皆不會同意，與自己的良心也過不去。因而馬世駿提議，在三峽工程對生態環境的影響是弊大於利的結論後面，補上一句，即：許多弊病是可以通過人為措施加以限制的。
對於結論的這後半句話，「許多弊病是可以通過人為措施加以限制」，侯學煜堅決不同意。侯學煜認為：
第一，在三峽工程論證中，生態環境和資源的損失並非強調得太多了，而是基本上沒考慮。三峽工程論證，只是就工程論工程，很少考慮水壩可能給人民帶來的禍害和災難，更談不上考慮三峽工程對庫區，以及對整個長江流域的影響。
第二，提出的一些對策不能解決生態環境問題，所以不能說許多弊病是可以通過人為的措施加以限制。為此，侯學煜和馬世駿發生了激烈爭論，爾後此爭論發展到不僅涉及提出的補救措施是否有效，更涉及知識分子的道德和社會責任問題。
馬世駿認為侯學煜不靈活，不能變通，馬世駿甚至認同錢理群的觀點，認為在萬不得已的情況下，一個人可以說假話，只要這個假話不會傷害第三者；侯學煜則堅持認為，許多對相關問題真正有研究、有見識的同志，應該參加而沒能參加，而當初參與三峽論證，便是為了表示論證中有持不同意見的人加入。
因此專事研究生態問題的侯學煜認為，既然參加了，有看法就得表達出來，得對國家負責，對子孫後代負責。侯學煜說：
「一個人可以說錯話，但不可以說假話。我講的是真心話，對不對自有公論，也有待歷史實踐的檢驗。」
最後生態環境組上報的三峽工程對生態環境影響問題的結論是：三峽工程對生態環境的影響是弊大於利，但是許多弊病是可以通過人為的措施加以限制。侯學煜不同意這個結論，因此拒絕在論證報告上簽字。
侯馬相爭 方子雲出線
馬世駿怎麼也沒有想到，即使在三峽工程對生態環境影響問題的結論上，做了一個違心的讓步，但三峽工程可行性論證領導小組，對此結論仍舊不滿意，因為他們早已在總報告中，作出了三峽工程對生態環境影響是「利大於弊」的結論。而組長馬世駿和顧問侯學煜的爭吵，讓副組長方子雲得利。
在馬世駿和侯學煜僵持不下的情況下，方子雲分別於一九八八年和一九八九年，代表生態環境組，向論證領導小組與大會作彙報。
一九九一年九月初，方子雲出任三峽工程可行性論證生態環境二組組長，在原有資料的基礎上，重新編寫三峽工程對生態環境影響報告，得出了讓論證領導小組、和國務院領導人都滿意的結果：三峽工程對生態環境影響是「利大於弊」，此結論通過了國務院環保局的審查；此時，馬世駿和侯學煜都已去世。馬世駿於一九九一年上半年，死於一場至今尚未破案的車禍之中；侯學煜也於一九九一年上半年，死於北京解放軍總醫院。
一九九二年，方子雲出版三峽工程系列叢書中《生態環境》一書，吹噓三峽工程所謂「正面生態環境效應」，其中最著名的便是：三峽水庫的形成，可使重慶夏季最高氣溫減低攝氏四度，氣候趨於冬暖夏涼。這就是後來中國媒體所宣傳的三峽工程的空調效果；然而事實上，二○○三年三峽水庫形成，二○○六年夏，重慶出現歷史最高溫。然方子雲是於一九九二年，被中共國務院授予有特殊貢獻的專家，年年享受政府特殊津貼。
反間計中的間可以有五種，敵間(敵方派遣的間諜)、鄉間(利用敵國人為間諜)、內間(收買敵國官吏為間諜)、死間(向敵方傳遞假報的間諜)，以及生間(到敵方偵探的間諜)。
方子雲乃反間計中的間，是為名利而被三峽工程主上派所收買的間，既在馬世駿和侯學煜主持的三峽工程對生態環境影響是「弊大於利」的論證報告上簽字，又在其所主持的「利大於弊」論證結果上簽字，方子雲之人品、道德、學術水準可見一斑。
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