防洪效益？
那麼三峽工程對於上面類型的大洪水有什麼樣的防洪效益呢？
首先，對於一九八一年的洪水是雪上加霜。
一九八一年長江上游的洪水為歷史罕見，受災地區位於三峽大壩壩址上游。三峽工程的建立，對於防止這一類型的洪水無任何作用，反倒使洪水位抬高，洩洪速度減慢，加重上游洪水災情，雪上加霜。如果像一九八一年型的洪水，在三峽工程運行一百年後發生，則將對上游的重慶市、以及四川省危害更大。由於三峽工程的建立，河床的抬高，邊灘的淤積，百年之後的洪水水位要比一九八一年的洪水高出許多，重慶市許多市區將被洪水淹沒。
其次，對於一九九一年的洪水，亦是毫無作用。
三峽工程的建立，對一九九一年淮河流域和長江下游太湖流域這一類型的洪水，沒有任何防洪意義，即使三峽水庫能將幹流的水量都蓄起來，也不會減輕淮河流域和長江下游太湖流域的洪水災害。
第三，對於一九三一年和一九三五年的洪水是力所不及。
一九三一年和一九三五年的洪水是造成死亡人數最多的長江洪水。據統計，僅一九三五年洪水，就造成十四萬人死亡。這兩年三峽上游的洪水來量均不大，小於一九八一年的洪峰流量。而引起洪水災害的主要原因，則是支流的特大洪水，如漢江、沅水、澧水的特大洪水。一九三五年的十四萬死亡人數中，八萬多人死於長江支流漢江的潰堤，三萬多人死於長江支流澧水的潰堤。三峽工程只能有限地控制幹流的洪水流量，對於死於長江支流洪水的人，是鞭長莫及。
第四，對於一八六○年和一八七○年的洪水是有利有弊。
一八六○年和一八七○年的洪水原因為長江上游的特大暴雨（一八六○年還加清江洪水）。受災地區分別在三峽大壩的上游和下游。對於這一類型洪水，三峽工程的防洪作用可分為正作用和負作用：對下游，三峽水庫可削減一部份洪峰，蓄一部分洪水，起到減輕下游洪水災害的作用；而對上游，三峽工程阻礙上游洩洪，抬高上游洪水水位，加重上游洪水災害。這就是大壩工程將下游洪水轉移到上游的作用。
第五，對於一九五四年洪水，作用十分有限。
一九五四年的洪水是百年罕見的全流域性特大洪水。當時上游洪水不是最大，而是洞庭水系湘資沅澧四水的洪水特別大，武漢頭頂上的漢江洪水也不小。七、八兩個月，長江幹支流的洪水總量為四千五百八十七億立方米，超過長江宣洩能力的超額洪水量達一千億立方米。此類型洪水的時間長，受害面積大。三峽工程的防洪庫容有限，主要又用於削減上游將可能出現的洪峰，所以控制幹流水量的作用也有限。此次洪水時間長，江堤在江水中浸泡的時間長，所以特別容易決口和潰堤。三峽水庫的作用是削減洪峰，而不是長時間的蓄水，洪峰過後，必須放水，而在減少江堤於江水中浸泡時間方面，也沒有大的幫助。一九五四年洪水損失的很大一部份，是來自洪水造成的澇災，三峽水庫對減輕澇災也無大的用處。
最後要指出的是，按常規，長江的洪水期多在六月到九月，三峽工程也是按照這個規律安排水庫的運行計畫。六月到九月將水庫蓄水位控制在低水位（海拔一百四十五米），留出防洪庫容；十月到次年五月，將水庫蓄水位控制於高水位（海拔一百七十五米）。但是人算不如天算，長江到了十一月份，也會發洪水。一八六○年發了半年的洪水後，到了十一月份又再來一次大洪水，損失十分嚴重。史書記載，洪水「漲勢迅速，遷避不暇，時值冬令，居民皆料不及，損失更大」（綏江縣誌）。如果未來出現此類洪水，三峽工程將是束手無策，在自然洪水之上，再迭加一個人為蓄高的洪水位，後果是不堪設想。
因此，三峽工程論證，只一味強調三峽工程所謂的防洪效益，其目的在於誤導民眾，讓他們相信，三峽建壩，可以卡住長江洪水，畢千功於一役，從此即可高枕無憂。
生態工程？
渾水摸魚的第二個案例是：聲稱三峽工程為生態工程。二○○七年十一月二十七日，在國務院新聞發佈會上，國務院三峽辦主任汪嘯風說，三峽工程本身就是一個生態工程，因為它提供的是清潔的能源。而且，按照與火力發電的對比分析，如果建設同樣裝機容量的火電機組，每年要多消耗五千萬噸煤炭，要向大氣排放一億噸的二氧化碳。汪嘯風還說，三峽工程是中國回應《京都議定書》的重大工程措施。
生態學(ecology)一詞，最早由德國的海克爾(E..Haeckel)在一八六六年提出，是一門研究生物與環境相互關係的科學。美國的奧德母(H. . T. . Odum)在一九六二年提出生態工程(ecological.engineering)的概念，「生態工程被視為，運用來自自然的資源，以居主導地位的方式，操控環境系統。」一九七九年生態學家馬世駿，在中國引進生態工程概念，一九八四年馬世駿給出如下定義：「生態工程是應用生態系統中物種共生與物質迴圈再生原理，結構與功能協調原則，結合系統分析的最優化方法，設計促進分層多級利用物質的生產工藝系統。」中國現在多採用馬世駿先生的定義。
汪嘯風以三峽工程提供清潔能源為由，將三峽工程定義為生態工程，然此生態工程既不符合美國奧德母的定義，也不符合中國馬世駿的定義。當年馬世駿親自參加三峽工程可行性論證，並且擔任生態環境組組長。如果三峽工程真是生態工程的話，那麼馬世駿將會在可行性論證中，給三峽工程一個「生態工程」的皇冠。但以馬世駿為組長的生態環境組，關於三峽工程對於生態環境影響，所給的結論則是：弊大於利。
而一個工程對於生態環境的影響是弊大、還是利大，端看這個工程對於恢復生態環境、自然調節能力的作用。有利於自然調節能力的恢復，就是利大於弊，反之則是弊大於利。三峽工程建設破壞、摧毀生態環境的自然調節能力，使建成之後的生態環境距離原始狀態更遠，因此結論只能是弊大於利。參加三峽工程可行性論證生態環境組工作的陳國階所長，就曾經撰文與接受採訪，證實三峽工程可行性論證生態環境組的結論是弊大於利。
然而，為了避免和領導正面衝突，馬世駿卻在結論的後面加了一句話：但是許多弊病是可以通過人為措施加以限制。
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