北宋滅亡後，宋高宗（1127年~1162年在位）在杭州建立南宋政權。高宗在位期間，對外聯絡甚少，與日本的商船往來也降到低點。宋高宗駕崩後，孝宗即位，宋朝與金國議和，雙方休戰，而中日有了再度的交往。
日本商人出海 貿易繁盛
南宋與金議和前後，日本大臣平清盛逐漸掌握權力，成為朝廷重臣。此時日本市場商品日益增多，產品也精益求精，商業更趨發達。商品經濟的發展必然導致貨幣的發行，但是當時日本鑄造的銅幣質量低劣，因此急需進口貨幣。宋朝的錢幣成為日本最急需的商品。
為了得到宋幣，日本自然要擴大對中國的貿易。平清盛遂廢除日本閉關政策，主張加強與南宋交往，具體表現是疏通河道，允許日本商人出海，大力開展對南宋的貿易。
此後一直到江戶幕府為止，中國貨幣在日本歷史上都扮演著重要角色。日本錢的單位是貫和文，與中國的一樣。
1170年，平清盛親自接見宋朝商人，大造輿論，以擴大中日雙方的貿易往來。1172年，宋朝明州（今寧波）地方政府送來牒文和禮物，因內有「賜日本國王物色」等字樣，引起日本朝廷爭議。平清盛不顧眾人的反對，於次年回覆牒文和禮物。《宋史》對此記載：「乾道九年（1173年），始復明州綱首，以方物入貢。」
1175年，有日本商人在明州打死一名宋朝人，孝宗下令將其遣返日本，由日本的法律制裁。
高倉天王時期，平清盛長子、內大臣平重盛曾派使，向明州育王山佈施黃金。
繼平氏而起的是征夷大將軍源賴朝開始的鐮倉幕府統治。第三代將軍源實朝（源賴朝的兒子）聽宋人陳和卿說其前世是明州育王山長老，就打造了一艘大船，準備前往明州朝拜。後因水淺，船無法浮起而作罷。
史載，幕府將軍同樣熱心與宋朝的往來，關心中日貿易，經常召見宋朝商人。不少日本商人也紛紛前往宋朝進行貿易。有很多次日本商人的船隻被吹到中國海岸，宋朝皇帝都下詔給予錢糧救濟並送其回國。
高僧往來頻繁
中日商船頻繁往來為兩國僧人往來提供方便條件。此時中日在佛教和文化上的交流，在僧人主導下，開始走向繼唐朝之後的第二次高峰。
這一時期，應邀去日本弘法的有蘭溪道隆、兀庵普寧、大休正念等二十多名中國僧人，而日本僧人來到宋朝有跡可考的就有一百多人，有些不止一次來到中國。
中國僧人前往日本不僅傳播佛教，而且有些憑藉著自身深厚的文化修養和廣博的見識，在書法、戲曲藝術、文學及建築藝術等領域也對日本文化產生不同程度的影響。
而日本僧人來到中國的主要目的一是與北宋時的奝然等一樣，參拜名勝古蹟，以尋求達到滅罪和解脫的程度。二是為求法，尤其是學習禪宗而來，這是絕大多數，禪宗在宋朝時特別盛行。三是傳習律宗。在求法的僧人中，比較有代表性的是圓爾辯圓、道元、法心、神子榮尊、祖元、湛慧等。
不過，上述僧人除了學習禪宗、戒律之外，還學習南宋繁榮、發達的文化、文學、藝術等各個方面，比如宋明理學，南宋的詩文、書法、繪畫、建築等。他們效法遣唐使大規模吸收唐代文化那樣，也將璀璨的宋文化全面移植回日本，僧人圓爾辯圓就是這樣的日僧。
天資聰穎的圓爾辯圓全面地學習宋文化，回到日本後，不僅傳播禪宗，還傳播宋學，並將宋朝的茶及茶禮、詩文、書法、繪畫、寺院建築、碾茶以及麵粉、麵條的製作方法等也予以傳播。
圓爾辯圓在京都受到貴族的尊崇，威望極高。上至朝野當權者、公卿貴族，下至廣大僧俗市民莫不擁護和信賴，紛紛皈依其門下。
此時，宋朝的山水畫和工筆畫在日本產生廣泛的影響。而在宋朝建築藝術的影響下，日本鐮倉時代的佛寺建築出現大佛樣（天竺樣）、禪宗樣（唐樣）兩種不同藝術風格的建築形式。前者的代表是重建的東大寺，後者以鐮倉建長寺、圓覺寺為代表。當時很多佛寺的風格與宋的相彷。
在中日僧人的共同努力下，日本的政治、軍事、文化、藝術等各方面均受到宋朝禪宗深遠的影響。而蘭溪道隆也被尊為國師，他和其他中國僧人對日本的政局有舉足輕重的影響力，並導致日本在元取代南宋後，拒絕向元朝的忽必烈稱臣。@*
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