徐靈胎在學術上的高超理論和廣博學識，可以從《醫學源流論》的各篇醫論和他的其它著作裡的評議中看得出來。由於他重視理論，能溯醫學源流，凡是他箋釋評議之處，大多有精闢見解，評貶也大多公允。他生平批閱之書竟有一千多種，可謂博大精深，堪稱中醫史上罕見的醫學評論大家。
他在臨床處理上不拘成法，其豐富經驗和獨到手法則可從《洄溪醫案》中窺其端倪。下面從中摘引幾則醫案，以償讀者。
徐靈胎去太湖之濱為同學趙子雲治療暑痢危症。同學的鄰居家剛好有一少婦死了，要往震澤去買棺材。知道徐靈胎在那裡後，就請他去看看，是否還能救活。徐靈胎發現她的脈搏已經摸不到了，但心臟還是溫熱的，皮膚顏色也還沒有變，斷定是「暑邪閉塞諸竅」，還沒有完全死。隨即開了一張清暑通氣的處方。幾天後，趙子雲的兒子來看徐靈胎，說那少婦服下一劑藥就能說話；服兩劑就能轉動身子；服三劑就完全好了。
洞庭的卜夫人，得了怕冷的毛病，有一位名醫用人參、附子給她治療。十年間服了幾十斤附子，反而更怕冷了。才入初冬就四面都用火圍著她烤，身上穿幾重綿衣，仍然冷得打抖。徐靈胎認為是內有熱邪、逼陰於外，屬於《內經》裡說的「熱極生寒」的症狀，應該「散其熱，使達於外」。他用幾兩蘆根，煎清涼疏散的藥物給她當飲料喝。服了三劑就不用烤火了；服了十劑就減少了身上的衣服。又經常服養陰藥，身上反而覺得溫暖。過了一年，積在體內的附子毒素發出來了，週身象火燒一樣，服寒涼藥反而好受些。隨後又週身和頭、臉、口、鼻都生熱瘡，下體都腐爛了，膿血淋漓的。徐靈胎用外科治熱毒的方法給她治，一年才完全治癒。以後年齡越大反而越覺得身體熱，與以前相反了。
嘉善的許竹君，其夫人生病，醫生用了過多發散藥虛其表，接著又用補養藥固其邪，風邪深入到營分，怕風就像怕箭射一樣。關著門藏在家裡好幾個月，完全不見日光，有一點微風就發冷發熱並暈倒。徐靈胎去她臥室診病，見窗戶都用兩層布遮著，床前張著帷帳，外面又用布單子圍起來。其脈象微、軟而沒有陽氣。徐靈胎說，開頭用藥有誤，後來又過於避風，以至於「陽氣不接，衛氣不閉」，現在必須要照陽光，而且要在太陽下曬，服藥才有效。其夫說，見太陽就必然有風，怎麼辦呢？徐靈胎說，暫且把房頂的瓦去掉，讓太陽光下射，在屋裡曬太陽怎麼樣？於是如法施行。經過三天的治療，就能打開窗戶了；治了十天後就不怕見風了，病也全好了。第二年，其夫帶家眷去京都，船停在碼頭上，來請徐靈胎給她開一張經常服用的處方。當天起著大風，在船窗邊給她診脈，徐靈胎都覺得怕那個風，而她卻一點不怕。
淮安的大商人楊秀倫，七十四歲了，因為感冒而致消化不良。醫生因為他年事已高、家中又富有，就只給他服補藥。弄得他一聞到飯的氣味就發嘔，看到別人吃飯就叱罵道：這種臭東西，虧你們怎麼吃得下？整整一個月，他不吃不睡，只好用人參湯保著命。徐靈胎診斷後說：這個病可以治，但我的處方你們必然不給他服用，不服用就必死。如果按你們的意思處方，也會死，還不如不處方。家中眾人問：應該用什麼藥呢？徐靈胎說：非用生大黃不可。眾人果然嚇了一跳。藥煎成後，徐靈胎親自拿藥到病人那裡去強制他服。眾人惶恐而又沒辦法，就只准他服一半。當天晚上就氣息平穩而能睡得著覺了，但沒有拉屎。第二天全服了一劑，拉下少量陳糞，身體更和順了。第三天一大早，徐靈胎還沒起床，外面鬧轟轟的說：老太爺(病人)在堂中掃地，要親自來感謝先生。一會兒果然到徐靈胎的臥室裡來，談了好久的話。開早飯時，病人看人吃飯，就向自己碗裡撮了幾粒，嚼了幾下說：怎麼不臭了呢？從此就漸漸的吃起飲食來，精神也恢復得和以前一樣了，人們都感到很驚奇。
徐靈胎去探望他的族兄龍友，坐談之間，有老太太驚慌的跑來說：沒救了啊！徐靈胎驚問原因，龍友說：我侄兒媳婦生孩子，兩天都沒生下來，接生婆已經拒絕接生了。徐靈胎建議去看一下。去一看，漿水已經乾涸，產婦已經疲倦得說不出話來，接生婆還叫她往下使勁。徐靈胎說：別怕，這是「試胎」，還不會生呢，不要強迫她生。叫人把她扶正安穩的躺著，一個月後才會生，生時必然是順產，而且是生個男孩兒。接生婆聽了微帶嘲笑、不以為然，而且說：這是誰啊，說這種大話。我接了幾十年生，從沒看見過像這樣子還生得下來的。產婦家裡人也半信半疑。徐靈胎給她開了一張養血安胎的處方，一服用就胎氣安和，完全沒有生產的跡象了。過了一個月，果然生下一個男孩，而且生產過程非常容易。眾人都覺得太神了。龍友非要請靈胎解釋原由。靈胎說：凡是胎氣旺而母親有風寒勞碌等干擾的，胎兒就會往下墜，像要生產的樣子，用安胎藥就行了。不知道的人以為真要生產，強迫產婦用力，就會導致胞漿破流，胎兒就不安全了。我診她的脈很旺，而胎兒月份不足，就知道不會生產。但強迫她生產，已經動了胎氣，將來生產時必然容易。她的左脈很旺，故知是男胎。這些道理都很淺近，只是人們不知道罷了。
吳超士家的男僕，已二十歲了，跟隨他去戲院裡看戲，因發寒熱而先回家去了。半夜的時候不住的呻吟。第二天大早去看，居然藏在床底下，聲稱一群鬼要殺他。把他拖出來看，身上全是麩殼一樣的細點子。徐靈胎說：這是「惡痘」啊。皮膚都呈暗紫色，趕緊用升麻、羌活、生地等藥煎湯給他灌下去。三天後痘形出來了，週身被痘覆蓋得沒有一個小孔，頭面部分還重重迭迭長痘。徐靈胎始終用滋養氣血的藥物，時醫所用那些猛烈的惡藥一樣也不用。二十多天才結痂，痂顏色焦黑，結成手掌大小一片一片的，形狀象破水缸的陶瓷片。剝去這些痂片後，人都完全變了一副模樣，看到他的人都認不出是誰了。
濮院的沈維德，患了「下疳」病，外生殖器連根都爛盡了，尿從骨縫中流出來，滲灌到陰囊裡，連肛門都爛進去半寸深，痛苦得大聲哀號。用車載到徐靈胎家，只求保住命就萬幸了。徐靈胎也沒治過這種病，只好盡力而為。用解毒養血的藥給他內服，外敷藥一用就痛，換了好幾次處方，找到不痛的藥外敷。兩月後結痂並能行走，只是陰莖沒有了，只留下一點根。徐靈胎曾讀過一本秘籍，內有「再長靈根」的方法，要用胎狗一個。剛好家裡的狗產了三隻小狗，就取了一隻來，用泥裹著火裡煨乾，和藥一起碾碎，給了病者。過了兩年，病者的妻子忽然生了一個孩子，同族的人全都大嘩不解：他已無外生殖器，怎麼能生孩了呢？病者的岳父徐君偷偷的向病者打聽，沈維德說：我服藥後陽道已長，生兒子有什麼可疑呢？徐君便把族人召集起來一同檢查，果然已經長出外生殖器來了。後來又生了一個兒子，眾人才不作聲了。這件事遠近傳遍，以為神奇，一直有人當作逸聞來傳述。(案：這在醫學上也算一個奇跡。據後世醫家評論，徐靈胎在外科、瘍科方面也是第一流的專家水平。)(待續)
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