前秦弘始三年（公元401年），在今天陝西西安一帶有一個姓魏的人家。主婦寇氏半夜夢見天竺僧人將無數鮮花灑在自己的居室內，早晨醒來，便有了身孕。第二年二月八日，生出一個男孩。這天，家中瀰漫了奇異的香氣，不知從何而來的光明照耀牆壁，很久才熄滅。母親看孩子生時有吉兆，便為他取名靈育。
這個孩子就是後來的法師玄高。
玄高小時，因受人們看重，又被稱作世高，他十二歲便想辭親入山修行，父母無論如何不答應。過了些天，一位書生來他家借宿，說自己想到中常山中隱居，父母一想，自己的孩子也早有此意，只是愛之過甚，割捨不下，現在何不讓他隨這書生進山呢？強留畢竟不行。事情就這樣定了。傍晚，父母和村人送他們上路。第二天早上，又有村人來探望世高，父母驚詫不已，問道：「昨天大家不是已把他送走了嗎？怎麼現在又來找呢？村人也是摸不著頭腦：「什麼？我們連他走都不知道，怎麼會去送他呢？」父母猛然醒悟：原來送孩子的村人都是神人所變化顯現出來的。
世高一上山，便到山寺中表示要出家。山僧說：「不行。父母不答應，怎能讓你出家？」他只好暫時回家，在家裡軟磨硬泡，交涉了好多天才得到允許。世高滿足了願望，一高興連名字也改成了玄高，表示徹底背棄世俗，斷絕塵緣。
玄高天性聰明，學習經典毫不費力，受戒以後，玄高專門研究戒律，他聽說關中一帶有位跋陀禪師在石羊寺弘法，便去拜師學習，只十來天便精通了禪法的妙處。跋陀不禁讚歎：「善哉，善哉！這個佛子，能領悟到這樣深的成度！」執意不受師禮。
玄高手持錫杖雲遊到西秦（十六國之一，在今甘肅南部）隱居麥積山。山上有學僧百餘人，都對他推祟備至。秦地高僧曇弘也恰在此地隱居，與玄高十分友善。 外國禪師曇無毗游到西秦，講授禪道，然而他參悟的佛法幽深高妙，隴右僧眾無法接受，玄高聽說後，便率徒眾去從他受法，學了十天，曇無毗便要向他請教。
僧眾一多，難免魚龍混雜，有兩個河南來的，外貌恭敬，心懷嫉妒，經常在背地裡姿意妄為，觸犯戒律。他們趁曇無毗西行之際，向河南王的世子曼讒害玄高，說他積聚徒眾，將成為禍患。世子聽信讒言，當下便要對玄高動手，河南王不答應，他便將玄高趕到河北的林楊堂山。這座山古老相傳，是神仙的住所。
玄高對這一場遭遇淡然處之，他神情自若，整天帶著三百徒眾修行，禪定境界日新月異。也許是他虔誠修煉的感應吧，禪堂的鐘磬不敲自鳴，香爐的香也自然而然的散發氣息。前來此處求仙問道的人，從未受過毒蟲猛獸的傷害。他的徒弟也靜心修行，長進很快，其中隴西人玄紹有很高的神力。他能讓手指流出清香潔淨的水，供玄高洗漱。他還常常弄到非世間所有的花與香，供奉給佛祖。
當初的曇弘法師，此時正在四川一帶遊歷。河南王仰慕他的高名，派使者去請他。曇弘想了一想便答應下來。在河南，賓主的禮儀剛一行完，曇弘便對河南王說：「大王既然見識深遠，知道尊重高人，卻為什麼還聽信讒言排斥玄高呢？我不遠數千里，辛辛苦苦來這兒，難到是以為自己當得起您的邀請嗎？不，我只是為了替他說清這件事而已。」說完拂袖而出。河南王一時面紅耳赤，便立即派使者恭請玄高。
徒眾中，有的勸他不要下山，說：「當初他們那樣對待您，現在怎能輕易就去呢？」玄高答道：「出家人以普度眾生為懷，不必計較以往。」說服了徒弟，便收拾行裝，準備下山，忽然狂風大做，電閃雷鳴，樹木摧折，石頭滾動起來，塞滿了下山的路，眾人一時變了臉色，玄高知道，這是山中神靈在阻攔他，便暗誦咒語並說： 「我曾發誓弘傳佛法，怎能在一個地方長久滯留呢？」於是風停雲散，頑石讓路。玄高回到城中，上自王侯，下至臣民，都對他極其尊崇，以他為國師。
弘法完畢，玄高離開河南，來到西涼，國王沮渠蒙遜對他很是看重，他召集境內英才，聽從玄高的講解。玄高的徒弟中有個西海（今青海東、甘肅蘭州一帶）人梵僧印，志量偏狹，有一點長進便自滿自足，說自己已證得羅漢果，佛法再沒有什麼可參悟的。玄高見狀，也不申斥，也不放任，他暗用神力，讓僧印在禪定中，遍見十方世界，以及諸佛所說的不同法門。僧印整個夏天都花在了尋覓他所見的法門上，找來找去，才發現佛法修煉是沒有窮盡的，頓時慚愧驚懼不已。
北魏攻打西涼，魏王拓跋燾的舅舅陽平王杜超恭請玄高。到達平城，他廣泛傳揚佛法，北魏太子拓跋晃拜他為師。
拓跋晃當時遭受讒害，一時不知如何是好，便問玄高：「師父啊，這個虛而不實的羅網，使我白白地遭罪受苦，該怎麼解脫呢？」玄高便讓他做金光明齋，虔誠懺悔七天。魏王拓跋燾便做起很奇怪的夢，夢中他看見祖父和父親手持利劍，言辭激烈，斥問他為何聽信讒言，無故懷疑太子。拓跋燾驚出一身冷汗，馬上召集群臣圓夢。群臣紛紛說：「太子毫無過失，確實如先皇神靈所言。」經過這件事，拓跋燾便對太子深信不疑，他下令太子協助處理政務，總攬一切。
崔浩和寇天師，是在拓跋燾處十分受寵的人，這兩人害怕太子即位後，奪掉他們的權柄，便四處揚言：「當初太子確實有謀反的野心，只不過利用了玄高的道術，讓先帝降夢，才得以掩蓋，如果不將妖僧誅滅，後患無窮。」拓跋燾聞之勃然大怒，下令將玄高投入獄中。在此以前玄高便早已秘密的對弟子們說：「佛教要衰滅了，我和慧祟公，大概要首當其衝吧！」慧崇是涼州人，正做尚書韓萬德的門師。太平五年（公元444年）九月，兩人都被幽禁。九月十五日，在平城東南角被害，玄高死時年僅四十三歲。（註：崔浩後受大惡報，身死族滅，具體詳情請看「正見網」歷史故事：崔浩進讒言滅佛遭惡報。）
玄高被害時，徒弟們並不知道，他們一個個焦慮的等待消息，夜不能寐。三更天忽然一道白光飛來，繞著佛塔轉了三匝，飄進禪房，徒弟們驚詫不已，這時聽見光中有聲音說：「我已死了——。」弟子們才知道真相，頓時寺內哭聲大做，震的宿在樹上的鴉雀都飛走了。
在六百里外的雲中郡，玄高的大弟子玄暢早晨醒來，忽見一人前來告訴他師父有難，並給他一匹日行六百里的馬。玄暢揚鞭返回都城。徒弟們已將玄高的屍身運回，玄暢見狀，撫屍痛哭，邊哭邊說：「佛教現在衰微了，還有復興的一天嗎？如果有，請和尚坐起來，和尚德行非同尋常，一定能做到。」話音剛落，眾人便見玄高微微睜開兩眼，目光和悅，神色怡然，通體出汗，香氣盈繞。稍停片刻便坐起來，對弟子們說：「佛教還應傳揚，只是隨外緣變化，有盛有衰。但你們要記住，盛衰是外在的事物表現，然而佛法卻是清淨永恆的。我只有一點顧慮，你們不久就會和我一樣，只有玄暢能夠南行。你們死後，佛教便會再興。你們要好好修心性，不可動搖信仰，中途後悔。」說完便臥下氣絕。
北魏的僧正（管理佛教事務的官吏）法達，早就對玄高欽佩不已，但一直未能作他弟子，忽聞噩耗，失聲痛哭：「聖人已逝，今後依傍何人呢？」接連幾天都不下吃飯，不時的呼喚：「玄高聖人進退無礙，為何不現一次形呢？」一次話音剛落，便見玄高從空中降下，法達連忙頂禮膜拜，請求救護。
「君罪業深重，實難相救，有什麼辦法呢？不過從今往後，你若依大乘法苦苦懺悔，會得較輕的報應。」玄高慢慢的說。
「脫離苦報以後，願法師能救我。」法達緊追不捨。
「我心懷一切眾生，怎麼會單單救助你一個呢？」玄高淡淡的回答。
「法師與惠崇公轉生何處呢？」
「惠祟公常常祈求往生樂土，現在已遂了心願。我卻願生在惡世，救護掙扎於無邊苦海中的眾生，現在已轉生於閻浮提」 。（注:閻浮提是佛教名詞指須彌山之南也被譯作「南贍部洲」）
「不知法師已修煉到什麼境地？」
「我弟子中自然有人知道。」說完便不見了。
法達後來密秘尋訪玄高的弟子，弟子們都說他是得忍菩薩。(資料來源：《歷代高僧傳》)
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