當塞耶1939年秋到達馬尼拉時，他發現奎松很害怕戰爭，有時甚至是驚惶失措。他從麥克阿瑟處接到的關於菲律賓陸軍進展樂觀的報告與那些能幹的菲律賓軍官的悲觀預測反差太大。奎松日益清醒地認識到，訓練有素的軍官太少，幾乎沒有現代武器，要想保衛菲律賓還需要很長時間，甚至10年也不夠。
德國一個月不到就吞併了波蘭，這似乎是個可怕的預兆，日本軍隊也會對貧窮的菲律賓作出同樣的事。他在共同體新國防部成立時的演講中說，國防部有個不可能完成的任務。奎松語調悲觀地說：「即使我們武裝每一個男人，也無法保衛群島。」
他公開請求羅斯福談判簽訂一份中立條約，來保護菲律賓產此後不久，他對麥克阿瑟講了他的疑慮。他說，如果1946年我們獨立了，有30萬軍隊嚴陣以待，而日本決定進攻，到那時會出現什麼情景？麥克阿瑟告訴他，菲律賓能堅持戰鬥6個月，那時候需要繼續進口彈藥和其他重要必需品。奎松困惑地問道：「要是日本人進攻，我們又沒有海軍，怎麼運進這些給養？」
麥克阿瑟告訴他，他只能寄希望於英國或別的海軍大國決定幹預，阻止入侵。如果那樣，奎松問，「有什麼必要花錢維持一支開銷龐大的軍隊呢？」麥克阿瑟對此未作明確回答。
奎松還想知道，棉蘭老島怎麼辦？棉蘭老島是菲律賓南部的最大島嶼，距日軍在帕勞群島的基地僅600英里。麥克阿瑟的防禦計劃可以給棉蘭老島以強有力地保護嗎？麥克阿瑟承認不行。「那麼什麼最終能阻止日本佔領棉蘭老島呢？」同樣，麥克阿瑟沒作出任何保證。
他請塞耶幫忙把麥克阿瑟召回美國。塞耶很願意——他並不欣賞麥克阿瑟——但沒有書面請求他不會這樣做。奎松是個精明的政客，他不願留一份記錄文件證明他曾從背後戳了他的軍事顧問一刀。他和他的陸軍元帥是一條繩上的螞蚱。
不過奎松可以不接見他。麥克阿瑟得到通知說，從現在起，他將與總統的秘書喬格•瓦爾加斯接觸，奎松不願再見他。如果這一侮辱是想讓麥克阿瑟放棄，那沒有作用。他忍受了這一侮辱性的新安排，但針鋒相對地告訴喬格：「喬格，總有一天你的老闆想見我而我也可以不見他。」
那些日子麥克阿瑟很難過。他和奎松的關係破裂了，而他從一開始就不喜歡塞耶。1940到1941年間發生的一切都沒能改變他對這位謹小慎微、自高自大的律師的看法，是羅斯福硬將他塞給他的。更糟糕的是，麥克納特離開時，羅斯福將島嶼事務局從陸軍部劃給了哈囉德•伊克斯及其內務部。因此麥克阿瑟需通過塞耶間接地與伊克斯打交道。伊克斯堅持要塞耶監督保衛菲律賓的準備工作。
雖然塞耶毫無疑問是羅斯福在菲律賓的代表，他卻是共和黨歷史上履行這一任務的最木稱職的人選。塞耶是位綏靖主義者。儘管塞耶年輕時身體健康，他還是利用他是威爾遜總統女婿的影響在第一次世界大戰期間逃避了兵役，去為青年基督教協會工作。即使到了1940年，他仍認為戰爭不可能打起來。他深信，雖然歐洲遭戰爭蹂躪，但太平洋不會有戰爭，當然美國不會捲入戰爭。麥克阿瑟厭惡他，奎松也是，他認定塞耶是另一個出身高貴，彬彬有禮，受過良好教育的種族主義者。
那麼，麥克阿瑟向誰求助呢？當然不是陸軍部。1940年6月，一群支持美國站在英國一邊進行干預的有地位的共和黨人說服羅斯福解除了孤立主義者哈里•伍德林的職務。羅斯福勸說亨利•史汀生出任陸軍部長。史汀生也不是麥克阿瑟的朋友。
新任總參謀長的喬治•C•馬歇爾想盡力幫助麥克阿瑟，但除了告訴菲律賓軍區新司令喬治•格魯納特少將儘量與麥克阿瑟合作之外，他也無能為力。格魯納特討厭幫助麥克阿瑟去做顧問的任務，因此他儘可能地袖手旁觀。
1940年12月，已回國並在部隊工作的艾森豪威爾給麥克阿瑟寫了一封長信，告訴了他很多事。他告訴他的前老闆和良師，陸軍部正忙於起草美國歷史上第一部和平時期徵兵法案，根本無暇顧及菲律賓。艾克還指出，陸軍採用的新兵訓練計劃看上去就好像是麥克阿瑟創建菲律賓陸軍計劃的翻版。」
