第一，最直观的就是，万吨船队的通航时间将从每年的五、六个月，减少到四、五个月；第二，如果再仔细研究一番，这个方案可能会使万吨船队直抵重庆的目标，化为乌有。每年十一月份，宜昌站的月平均径流量只有二百六十三亿立方米，除去要向下游提供必要的流量，已经不可能再有二百二十一亿立方米的水供水库存储用了，这样水位就到不了正常蓄水位一百七十五米，也保证不了万吨船队到达重庆的航运需要。
推迟蓄水，就会影响发电，也会影响对下游流量的补给。这个方法在目标不改的情况下，无法接受。剩下的只有工程整治一条措施，魔高一尺，道高一丈，有钱便往下投就是了，淤多少，挖多少，反正这笔钱，不会算到三峡工程的投资上去。美国加利福尼亚贝克莱大学地质教授利奥帕德撰文说，长江三峡是世界上最大的实验室，这里进行的是一项未被证明能够获得成功的实验。
破坏重庆市原有排水系统，增加甲烷爆炸威胁。在日常生活中，将用过的水排入城市排水管道中，然后又排入天然河流，是极为普通之事，重庆市的废水，都排入长江。那么，当长江在重庆处的水位抬高十几米，重庆市的排水口都将被淹没在长江水位之下，重庆市的排水受淹堵，排水不畅，这样排水管道中将充满沼气，随时都有爆炸的可能，因此，重庆水位的抬升，将迫使重庆必须改建全市的排水道系统。城市更新，城市改建，这些项目对一个城市尚能承担，但要迫使一个老城市改建全部的排水道系统，将在财政上难以负荷。
二○○七年夏，暴雨袭击重庆市。此时，重庆市排水道系统的出水口水位，受三峡水库蓄水影响而抬高，造成排水管道的实际水力坡度减少，排水系统能力大为缩减，致使重庆市区许多建筑被淹，马路被阻。增加重庆库区水污染 影响周围地区饮用水供应三峡大坝建设之前，长江水的流速比较大，河流自然净化的能力非常强，而三峡工程的兴建，使水的流速降低，自然净化污水的能力也就降低，增加重庆库区的水污染，影响周围地区的饮用水供应。
一九九二年，于中共全国人民代表大会审议三峡工程方案之时，四川省程贻举、杨东乔等三十二位代表，联名向大会主席团提交了一份“请求专题研究和评价三峡工程对重庆市的经济和环境影响”议案。当时重庆市并未提升为中央直辖市，行政上还属于四川省领导，四川省人大代表团中包括来自重庆市的代表。
三十二位代表在议案中指出：“三峡工程不利影响主要在库区。重庆港处于水库回水变动区，三峡工程的建设与重庆市的经济发展和环境有密切关系，但究竟影响程度有多深，范围有多大，以前从未进行过系统的专题研究。世界上至今还没有一座大型水库是在一座特大型城市的边上，国内外都没有经验可借鉴。尽管十多年来有关部门对三峡工程做了大量的调查研究、环境评价、模型试验，提出了一系列的报告，在报告的一些地方也涉及到重庆问题。但我们认为，研究尚不深入、不全面，有些不利影响还估计不足，对策措施上还嫌笼统，不够有力。如果我们在这个问题上稍有失误，给重庆市带来的后果是不堪设想的，同时还会给子孙后代留下后患。”
同样，重庆大学和四川科技大学，也对三峡水库对重庆市的淹没影响作过研究，得出了和三峡工程论证不同的结论。可见，直到一九九二年，四川省人大代表，针对重庆市委书记肖秧以重庆市委和重庆市政府的名义，向中央政府要求将三峡水库的正常蓄水位从海拔一百五十米增加到海拔一百八十米是一直持反对意见的，原因很简单，加高三峡水库的蓄水位，对重庆市危害很大。李锐在全国人民代表大会通过兴建三峡工程议案后，给中央写信，要求尽早为重庆准备后事。
为此，钱正英专门代表中共中央和国务院到四川省代表团做工作，作解释，钱正英担保在建设三峡大坝之后，百年洪水不会影响重庆市。她说，中共中央政府同意在批准三峡工程议案之后，对重庆市的淹没影响再做研究，也会邀请重庆大学和四川科技大学参加。希望四川省的代表们和中央保持一致，支援三峡工程的建设。四川省人大代表不相信官拜全国政协副主席的钱正英会欺骗他们；但是三峡水库蓄水后的事实证明，正是钱正英欺骗了他们。
原四川省水利电力厅厅长、政协副主席张广钦曾就三峡工程多次向中央上书，他以从事水利电力几十年的经验指出：有人说要保下游一千万人口，但三峡修好解决不了武汉一盆水问题，也解决不了荆江分洪问题，且目前对上游危害也考虑得不够。长江主河流中段建大坝不可取，鲧治水的老路──堵的办法，是效法不得的。
现代苦肉计
三国演义中周瑜火烧赤壁是最精彩的以小胜大、以弱胜强的战例。赤壁大战中东吴老将黄盖上演一场苦肉计，让曹操上当，功不可没。周瑜打黄盖，一个要打，一个愿挨。板子打在黄盖的屁股上，后来黄盖立功，加官晋爵，也是奖赏分明。重庆市市委书记肖秧也上演了一场苦肉计，后来也从重庆市市委书记升到四川省省长。只是肖秧的苦肉计和黄盖的苦肉计有一点不同，周瑜打黄盖，黄盖被打得皮开肉绽。而肖秧的苦肉计中，吃苦的不是肖秧，而是重庆市的居民和他们的子孙后代，这就是现代和古代苦肉计之区别。
但是善有善报，恶有恶报。肖秧虽然当上了四川省省长，但是在接下来的中共中央全会上，中央委员的选举中，成为中华人民共和国史上罕有的几名尽管通过差额选举，却被淘汰的候选人，致使心情不畅，忧郁得病。纵然李鹏后来又将国务院三峡工程建设委员会副主任的官衔送给他，但是也未能阻止肖秧早逝的命运。
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