人类对疾病的认识越来越深入之后，医学分科也会越来越细，目的应是顺应临床医学的发展，让医疗照护完善。
据《周礼．天官塚宰》记载，医学分为疾医（内科）、疡医（外科）、食医（营养科）、兽医四科。在周朝之前，医学分科不明显，即使有也常和巫术混在一起，即使官方有如此分类，但一般民间的医师仍是十八般武艺样样来，如名医扁鹊，据司马迁《史记》记载，曾经用针灸术将虢国太子的尸厥症（类似昏厥休克）抢救过来；在邯郸医妇人疾成为“带下医”；到雒阳医疗长者，成为“耳目痹医”（五官科）；到秦国咸阳，知秦人爱小儿，又为“小儿医”。扁鹊所治，常妙手回春，因而闻名天下。
汉初著名医学家淳于意，因其曾任太仓令，故世称“仓公”，其治病亦多有验，其临床病例都载于《诊籍》一书中，《史记》记载其25个病例，内外妇儿齿科皆有。至于张仲景与华佗，也是中医大家，临床治疗亦是精通各科。
唐代有了正规的医学教育机构──太医署，唐高祖武德七年（公元624年）在长安成立，由行政、教学、医疗、药工四大部分皇家直属，设太医令二人。太医令相当于现在医学院的校长；还设立太医丞二人，他们是太医令的助手。太医丞手下则有医监四人、医正八人。太医署分医学部和药学部，医学又分四大科：医科、针科、按摩科和咒禁科；医科下又分体疗、疮肿、少小、耳目口齿、角法等五项。学生入学后，必须先学《素问》、《神农本草经》、《脉经》、《甲乙经》等基础课程，然后再分专业学习。
北宋嘉祐五年（1060年）医学调整为九科，即大方脉（内科）、小方脉（儿科）、风科、产科、眼科、疮肿科、口齿咽喉科、金镞兼书禁科、金镞兼折伤科。元丰改制后，将重叠的金镞兼折伤科撤销，又增加针灸科仍为九科。此制一直沿袭至宋末。
至元代又发展为大方脉、杂医、小方脉、风、产、眼、口齿、咽喉、正骨、金疮肿、针灸、祝由、禁。并规定：“诸医人于十三科内，不能精通一科者不得行医。”
明代医学也分为十三科，但与元朝相比，少了风、杂医、禁，增加了伤寒、按摩，并将金疮肿分为“金镞”与“疮”，其余仅少数名称略有变动。清代，增设了“痘诊”，取消了祝由与按摩，又将金镞分属于疮与接骨。总体而言，清代医学分科变动较大，曾有十一科、九科、八科、七科之分。鸦片战争后，医学事业也遭受一定打击。同治五年（公元1866年）医学只分为五科，即大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿咽喉等。
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