当塞耶1939年秋到达马尼拉时，他发现奎松很害怕战争，有时甚至是惊惶失措。他从麦克阿瑟处接到的关于菲律宾陆军进展乐观的报告与那些能干的菲律宾军官的悲观预测反差太大。奎松日益清醒地认识到，训练有素的军官太少，几乎没有现代武器，要想保卫菲律宾还需要很长时间，甚至10年也不够。
德国一个月不到就吞并了波兰，这似乎是个可怕的预兆，日本军队也会对贫穷的菲律宾作出同样的事。他在共同体新国防部成立时的演讲中说，国防部有个不可能完成的任务。奎松语调悲观地说：“即使我们武装每一个男人，也无法保卫群岛。”
他公开请求罗斯福谈判签订一份中立条约，来保护菲律宾产此后不久，他对麦克阿瑟讲了他的疑虑。他说，如果1946年我们独立了，有30万军队严阵以待，而日本决定进攻，到那时会出现什么情景？麦克阿瑟告诉他，菲律宾能坚持战斗6个月，那时候需要继续进口弹药和其他重要必需品。奎松困惑地问道：“要是日本人进攻，我们又没有海军，怎么运进这些给养？”
麦克阿瑟告诉他，他只能寄希望于英国或别的海军大国决定干预，阻止入侵。如果那样，奎松问，“有什么必要花钱维持一支开销庞大的军队呢？”麦克阿瑟对此未作明确回答。
奎松还想知道，棉兰老岛怎么办？棉兰老岛是菲律宾南部的最大岛屿，距日军在帕劳群岛的基地仅600英里。麦克阿瑟的防御计划可以给棉兰老岛以强有力地保护吗？麦克阿瑟承认不行。“那么什么最终能阻止日本占领棉兰老岛呢？”同样，麦克阿瑟没作出任何保证。
他请塞耶帮忙把麦克阿瑟召回美国。塞耶很愿意——他并不欣赏麦克阿瑟——但没有书面请求他不会这样做。奎松是个精明的政客，他不愿留一份记录文件证明他曾从背后戳了他的军事顾问一刀。他和他的陆军元帅是一条绳上的蚂蚱。
不过奎松可以不接见他。麦克阿瑟得到通知说，从现在起，他将与总统的秘书乔格•瓦尔加斯接触，奎松不愿再见他。如果这一侮辱是想让麦克阿瑟放弃，那没有作用。他忍受了这一侮辱性的新安排，但针锋相对地告诉乔格：“乔格，总有一天你的老板想见我而我也可以不见他。”
那些日子麦克阿瑟很难过。他和奎松的关系破裂了，而他从一开始就不喜欢塞耶。1940到1941年间发生的一切都没能改变他对这位谨小慎微、自高自大的律师的看法，是罗斯福硬将他塞给他的。更糟糕的是，麦克纳特离开时，罗斯福将岛屿事务局从陆军部划给了哈啰德•伊克斯及其内务部。因此麦克阿瑟需通过塞耶间接地与伊克斯打交道。伊克斯坚持要塞耶监督保卫菲律宾的准备工作。
虽然塞耶毫无疑问是罗斯福在菲律宾的代表，他却是共和党历史上履行这一任务的最木称职的人选。塞耶是位绥靖主义者。尽管塞耶年轻时身体健康，他还是利用他是威尔逊总统女婿的影响在第一次世界大战期间逃避了兵役，去为青年基督教协会工作。即使到了1940年，他仍认为战争不可能打起来。他深信，虽然欧洲遭战争蹂躏，但太平洋不会有战争，当然美国不会卷入战争。麦克阿瑟厌恶他，奎松也是，他认定塞耶是另一个出身高贵，彬彬有礼，受过良好教育的种族主义者。
那么，麦克阿瑟向谁求助呢？当然不是陆军部。1940年6月，一群支持美国站在英国一边进行干预的有地位的共和党人说服罗斯福解除了孤立主义者哈里•伍德林的职务。罗斯福劝说亨利•史汀生出任陆军部长。史汀生也不是麦克阿瑟的朋友。
新任总参谋长的乔治•C•马歇尔想尽力帮助麦克阿瑟，但除了告诉菲律宾军区新司令乔治•格鲁纳特少将尽量与麦克阿瑟合作之外，他也无能为力。格鲁纳特讨厌帮助麦克阿瑟去做顾问的任务，因此他尽可能地袖手旁观。
1940年12月，已回国并在部队工作的艾森豪威尔给麦克阿瑟写了一封长信，告诉了他很多事。他告诉他的前老板和良师，陆军部正忙于起草美国历史上第一部和平时期征兵法案，根本无暇顾及菲律宾。艾克还指出，陆军采用的新兵训练计划看上去就好像是麦克阿瑟创建菲律宾陆军计划的翻版。”
