北宋灭亡后，宋高宗（1127年~1162年在位）在杭州建立南宋政权。高宗在位期间，对外联络甚少，与日本的商船往来也降到低点。宋高宗驾崩后，孝宗即位，宋朝与金国议和，双方休战，而中日有了再度的交往。
日本商人出海 贸易繁盛
南宋与金议和前后，日本大臣平清盛逐渐掌握权力，成为朝廷重臣。此时日本市场商品日益增多，产品也精益求精，商业更趋发达。商品经济的发展必然导致货币的发行，但是当时日本铸造的铜币质量低劣，因此急需进口货币。宋朝的钱币成为日本最急需的商品。
为了得到宋币，日本自然要扩大对中国的贸易。平清盛遂废除日本闭关政策，主张加强与南宋交往，具体表现是疏通河道，允许日本商人出海，大力开展对南宋的贸易。
此后一直到江户幕府为止，中国货币在日本历史上都扮演着重要角色。日本钱的单位是贯和文，与中国的一样。
1170年，平清盛亲自接见宋朝商人，大造舆论，以扩大中日双方的贸易往来。1172年，宋朝明州（今宁波）地方政府送来牒文和礼物，因内有“赐日本国王物色”等字样，引起日本朝廷争议。平清盛不顾众人的反对，于次年回复牒文和礼物。《宋史》对此记载：“乾道九年（1173年），始复明州纲首，以方物入贡。”
1175年，有日本商人在明州打死一名宋朝人，孝宗下令将其遣返日本，由日本的法律制裁。
高仓天王时期，平清盛长子、内大臣平重盛曾派使，向明州育王山布施黄金。
继平氏而起的是征夷大将军源赖朝开始的镰仓幕府统治。第三代将军源实朝（源赖朝的儿子）听宋人陈和卿说其前世是明州育王山长老，就打造了一艘大船，准备前往明州朝拜。后因水浅，船无法浮起而作罢。
史载，幕府将军同样热心与宋朝的往来，关心中日贸易，经常召见宋朝商人。不少日本商人也纷纷前往宋朝进行贸易。有很多次日本商人的船只被吹到中国海岸，宋朝皇帝都下诏给予钱粮救济并送其回国。
高僧往来频繁
中日商船频繁往来为两国僧人往来提供方便条件。此时中日在佛教和文化上的交流，在僧人主导下，开始走向继唐朝之后的第二次高峰。
这一时期，应邀去日本弘法的有兰溪道隆、兀庵普宁、大休正念等二十多名中国僧人，而日本僧人来到宋朝有迹可考的就有一百多人，有些不止一次来到中国。
中国僧人前往日本不仅传播佛教，而且有些凭借着自身深厚的文化修养和广博的见识，在书法、戏曲艺术、文学及建筑艺术等领域也对日本文化产生不同程度的影响。
而日本僧人来到中国的主要目的一是与北宋时的奝然等一样，参拜名胜古迹，以寻求达到灭罪和解脱的程度。二是为求法，尤其是学习禅宗而来，这是绝大多数，禅宗在宋朝时特别盛行。三是传习律宗。在求法的僧人中，比较有代表性的是圆尔辩圆、道元、法心、神子荣尊、祖元、湛慧等。
不过，上述僧人除了学习禅宗、戒律之外，还学习南宋繁荣、发达的文化、文学、艺术等各个方面，比如宋明理学，南宋的诗文、书法、绘画、建筑等。他们效法遣唐使大规模吸收唐代文化那样，也将璀璨的宋文化全面移植回日本，僧人圆尔辩圆就是这样的日僧。
天资聪颖的圆尔辩圆全面地学习宋文化，回到日本后，不仅传播禅宗，还传播宋学，并将宋朝的茶及茶礼、诗文、书法、绘画、寺院建筑、碾茶以及面粉、面条的制作方法等也予以传播。
圆尔辩圆在京都受到贵族的尊崇，威望极高。上至朝野当权者、公卿贵族，下至广大僧俗市民莫不拥护和信赖，纷纷皈依其门下。
此时，宋朝的山水画和工笔画在日本产生广泛的影响。而在宋朝建筑艺术的影响下，日本镰仓时代的佛寺建筑出现大佛样（天竺样）、禅宗样（唐样）两种不同艺术风格的建筑形式。前者的代表是重建的东大寺，后者以镰仓建长寺、圆觉寺为代表。当时很多佛寺的风格与宋的相彷。
在中日僧人的共同努力下，日本的政治、军事、文化、艺术等各方面均受到宋朝禅宗深远的影响。而兰溪道隆也被尊为国师，他和其他中国僧人对日本的政局有举足轻重的影响力，并导致日本在元取代南宋后，拒绝向元朝的忽必烈称臣。@*
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