考古学家推测，在公元前1300年，也就是3千年前的古希腊文明里，普遍处于城邦即是王国的社会结构。与其它希腊城邦相比，特洛伊应该属于相对富庶之都，因为它掌控着达达尼亚海峡的出入口，而当时的船仍无法逆风而行，必须停泊在港口里等待有利的风向才能驶入海峡。靠着收取过路关税及港口的船舶停靠费，特洛伊就可以轻易的累积财富、组织强大的舰队出使希腊，并与邻近邦国结盟来和希腊城邦的联军相抗衡。
最新的考古研究认为，建造在15米高的山丘上、面积约五万平方米的遗址应该只是特洛伊的卫城而已。如同当时希腊本土各国的城市结构一样，神庙及宫殿所在的卫城建于高地上，用城墙围住，城市则延着卫城四周发展。卫城在平时是祭祀、会议与王族居住之地，到了战时则为山脚下的居民提供避难的场所。
巍峨的特洛伊城墙易守难攻，数年来希腊联军屡次攻击，从来没能将城门击破，或成功爬上城墙。面对着久攻不下的城堡，希腊人改变了策略，采纳了狡诘的奥迪休斯的计谋：内藏战士的巨型木马加上口舌便给的间谍以说服特洛伊人自毁城墙，将高大的木马当作战争的胜利品拉回城里。
希腊人对于是否使用计谋、或者仍旧凭战斗一决高下，存在着不同的意见。宙斯在希腊人意见不一时，以响雷与闪电昭示他的旨意；雅典娜在希腊人的梦中指示木马的建造方法。当劳孔（Laocoön）──特洛伊城里阿波罗神庙的祭师──怀疑木马被拔营离去的希腊人留置在此是个危险的诡计，并拿长矛刺入木马的腹部，发出中空的回音时，神使众人听而不闻。
接着劳孔和他的两个儿子在举行祭祀时被大蛇咬死，大蛇随即游入雅典娜的神庙里。特洛伊人认为劳孔是因为怀疑木马才遭到惩罚，便不再犹豫，动手在城墙上打个大洞，将木马拖进城里，并彻夜饮酒狂欢，来庆祝他们的胜利。
希腊人在特洛伊人醉烂如泥时悄然而至，焚烧屋舍、掠夺财物、屠杀男人、俘虏女人及儿童作为奴隶带回希腊。全特洛伊只有二个家庭幸免于难，一个是当希腊和平使节前来交涉时以礼相待、并保护他们在特洛伊不受主战派攻击的老臣；另一个则是维纳斯女神与凡人所生的儿子埃涅阿斯，他见大势已去，便背着父亲、拉着儿子，仓皇出逃。
他之所以能全身而退，据史诗记载，一方面是由于作为女神的母亲随侧保护，使射向他们的刀剑失去准头，另一方面则因为埃涅阿斯负有自己所不知的使命，他将在遥远的异乡土地上留下后代，一支在未来统治着庞大帝国的民族（有关埃涅阿斯的部分在论及罗马时再行叙述）。
特洛伊从此荒弃了300年之久，直到公元前8、9百年前，才又有希腊人移民至此，这段时期也是荷马史诗流传于希腊化世界的年代。此后特洛伊起起伏伏，几历兴衰，到西元数世纪，随着西方世界的逐渐基督化而慢慢没落，终致为人所遗忘。若非荷马的史诗流传下来，特洛伊的一切痕迹就消失在历史的洪流之中。今日的特洛伊只剩下考古挖掘出来的残砖断瓦，作为联合国文教组织认定的世界文化遗产供人凭吊。
史利曼发现的珍贵文物如黄金饰品等，原本收藏于德国柏林的博物馆里，二次世界大战纳粹德国战败后，这批特洛伊的出土文物便被占领柏林的苏联军队带走，目前收藏在莫斯科的博物馆里。
后代对特洛伊覆亡的原因有诸多解释，史诗中占重要篇幅的关于神的部分被逐渐忽略，或视为艺术上的想像力而未认真对待。其实很多神话传次未必只是先人的幻想，经过时光的淘洗后能流传下来的东西，必有它寓世的意义，也许是高级生命有意采用各种隐喻的方式来传递着他们想要人们领悟到的一些讯息。
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