酸奶雖說好喝，同時也可以促進消化，但好東西也有其反的一面，所以喝的時候要注意以下五個「不宜」。
不宜過多飲用
許多人認為酸奶營養價值較高且含有益健康的嗜酸乳桿菌，便認為多飲有益無害。實際上，過多飲用酸奶會造成某些營養物質暫時過剩而可能引發代謝障礙，特別是嗜酸乳桿菌群攝入過多會導致腸道中原有的微生物菌群生態平衡失調，從而引發某些腸道疾病。
不宜加熱
酸奶中的嗜酸乳桿菌是活的細菌營養體，若加熱，活菌變為死菌，使菌體失去其特有的保健功效。當然，也不要用開水沖服，以免嗜酸乳桿菌群被殺滅或使其活力下降。酸奶飲用的最佳溫度是10 ℃～12 ℃，在這種溫度下，酸奶的口味較好。夏季酸奶的飲用溫度可適當降低。
不宜空腹飲用
酸奶跟牛奶一樣都不宜空腹飲用。在酸奶中含有大量的嗜酸乳桿菌，它的存活與胃腸道中的酸鹼度(pH值)密切相關。據醫學研究部門的細菌學培養試驗結果表明，嗜酸乳桿菌在pH值5。4以上的環境中生長繁殖良好，而在pH值2以下則難以存活。如空腹時喝酸奶，此時胃液的pH值一般在2左右，嗜酸乳桿菌將被殺滅或使活力嚴重下降，從而達不到酸奶應有的保健功效。因此，飲用酸奶的最佳時間是在飯後30分鐘到兩個小時之間，此時胃液的pH值一般已升至5左右，較適宜於嗜酸乳桿菌的存活與生長，從而有利於發揮其獨特的保健功效。
不宜與藥物同服
飲用酸奶前後最好不要服用藥物，特別是紅黴素、氯黴素、磺胺類藥及其他抗菌素藥物，以免酸奶中的嗜酸乳桿菌被殺滅或使活力下降。同樣，飲酸奶前後最好不要喝濃茶。
不宜給嬰兒餵食
酸奶含鈣量較少，嬰兒正在生長發育，需大量鈣，且酸奶中由乳酸菌生成抗生素，雖能抑制和消滅很多病原體微生物，但同時也破壞了對人體有益菌的生長條件，同時也影響正常消化功能，尤其對有腸胃炎的嬰兒和早產兒更不利。
酸奶雖然味道好、營養價值高，但是並不是所有的人都適宜喝，例如胃腸道手術後的病人、腹瀉或其他腸道疾病的患者就不適合喝酸奶。酸奶在製作過程中會添加蔗糖作為發酵促進劑，有時還會有各種糖漿調味，所以糖尿病患者要特別注意，還有對牛奶過敏的人也不能喝酸奶。
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