“阿凡达”（Avatar）意为化身。《阿凡达》的故事叙述在未来世界中，人类为获取另一星球－－潘多拉星球资源，启动了逼迁潘多拉星球土着纳美人的阿凡达计划。
潘多拉星球充满着浪漫、和谐、神秘与壮观的气息，参天巨树、神秘植物、飘浮在空中的群山、色彩斑斓的茂密雨林、如同水母般的树种、各种会发光的动植物，但也有各种凶猛的飞禽走兽……
潘多拉星球的土着纳美人种族聚落在一棵大树“家园树”（Home Tree）的周围，纳美人的神“艾娃”跟这个大树是一体的，常常给族人展现神迹。
女科学家葛雷发现了这里的纳美人，并写专著介绍，同时对纳美人的文化展开了科学研究。为此葛雷以自己的DNA和纳美人结合，培养了和纳美人一样的女性“阿凡达”身体，通过灵魂转移术控制躯体，进入到纳美人的群落中进行友善的文化交流，包括介绍人类的医疗卫生技术，并教他们讲简单的英文。
与此同时，另一名男科学家也用自己的DNA样品，造了一个男性的“阿凡达”身体，可是不幸的是，该科学家去世了。
葛雷在与纳美人交往的过程中，发现了特殊的矿产，在地球一公斤要卖八千万美元。地球矿业财团遂在此建立基地。
由于开矿需要，财团负责人打算驱离纳美人，但为了了解纳美人的真实想法，想用那个培育出的男性“阿凡达”身体做卧底。为此找来了那位死去的男科学家的双胞胎兄弟，一个双腿瘫痪的陆战队退休士兵杰克．苏。因为DNA基因相似，其灵魂能够顺利地转移去控制那个男性“阿凡达”的躯体。
杰克于是顶替已故双胞胎兄弟，作为“阿凡达”的灵魂控制试验体，参与完成这个任务。
杰克化身阿凡达在潘多拉星球遭遇奇异猛兽的袭击，由于其身体显示出某种灵性，纳美人公主出手相救，并把他带回了纳美族。杰克开始向纳美人学习语言、骑马、操控灵鸟等技术。由于他的陆战队“勇士”性情的“无所畏惧”特点，使得他经过艰苦惊险的努力，不仅获得了公主的爱情，也被纳美人所接受，成为他们的一员。杰克获得了信任，卧底成功，把了解到的情况汇报给财团。
通过与纳美人交往，杰克了解到纳美人不可能离开“家园树”，他的上司从他的口述日记视频知道这点，觉得谈判迁移的方式不可行，决定出动武装部队发动攻击，对家园树发动导弹火箭攻击，造成纳美人死亡。
杰克与葛雷反对这种暴力驱赶的作法，因此受到财团武装部队逮捕与拘禁。部分科学家与武装战士看不过去，把他们救出，过程中葛雷受重伤而死，杰克决定要带领纳美人对人类财团发动反击，过程中与人类财团发生激烈的战斗。
纳美人在阿凡达的带领下和人类作战，纳美战士骑着战马和灵鸟，与人类现代高科技飞行器、机器人作战的场面占据了整个星球的天空和地面森林。战事非常危急之间，杰克强烈救人的心感动了纳美人的神——艾娃发动森林的巨兽、天上的巨形飞鸟同时对人类军团攻击。
最终，人类财团被打败并投降，被遣返回地球。这时杰克已经不想做人类，在艾娃的帮助下，使杰克的灵魂离开人体，进入到阿凡达体内，使杰克成为真正的纳美人。◇