黄万里指出，钱正英（后被选为中国工程院院士）在水利方面是外行，是外行的行政领导，硬要充当内行领导技术，这是自找苦吃注。这击中钱正英要害，因为钱正英在共产党的高级领导干部中是专家，在专家中是共产党的高级领导干部。
黄万里没有听这位宗嫂的劝阻，而是积极地投身到三峡工程的评价之中。黄万里在没有一元钱科研经费的情况下，撰写了多篇关于三峡工程的重要科学论文，它们是：
──《论长江三峡大坝建设的前提》
──《怎样决定三峡大坝是否修建？》
──《长江三峡高坝永不可修的原由简释》
──《关于长江三峡砾石输移量的讨论》
──《关于长江三峡砾石输移量的讨论（续）》
──《吁请长江三峡大坝即日停工！此坝决不可修！》
──《关于长江三峡修建高坝可行性问题》
清华大学水利系教授杨铁笙说：“一个国家做一项重大工程决策，投入上千亿元的超级工程，涉及整个国家的经济发展、社会稳定、环境保护等等，应该采取什么方法来论证是十分重要的。从黄先生的情况来看，他有截然相反的见解，为什么不可以给点科研经费，给点必要的条件，让他深入进入研究呢？哪怕这个研究结论可能是错的，为了把事情考虑得更周密，为了留有适当的余地和空间，也并非完全多此一举。”
黄万里三次上书
一九九二年以后，黄万里三次给中共中央总书记江泽民写信，陈述三峡工程永不可建的道理：
第一，在长江上游，影响河床演变的造床质是砾卵石，不是泥沙，修坝后将一颗也排不出去，十年内就可堵塞重庆港，并向上游延伸，汛期淹没江津、合川一带。现报告假定砾卵石不动，以泥沙作模型试验，是错误的。
第二，中国水资源丰富，时空分布也合适。中国所缺的是供水足够地区的耕地。水库完成后淹地五十万亩，将来更多，用来换取电力，实不可取。
第三，三峡大坝经济可行性是根本不成立的。它比山区大中型电站每千瓦投资要贵两三倍。报告中的经济核算方法是错误的。
第四，三峡水库对长江中下游防洪虽然有些帮助，但效果不大。蓄清排浑的代价是使排洪工程加大，守堤防汛期加长，而所利用的电能大减。长江防洪迫在眉睫，应该浚治。
黄万里要求中央领导给他三十分钟的时间，讲解其中的道理；但黄万里直到去世，也没有得到江泽民和中央领导的回应。
一九五七年在黄河三门峡工程争论上，黄万里还有七天的时间，可以公开发表意见，舌战群儒，然到了三峡工程争论上，他连三十分钟的机会也没有。
一九九四年底，三峡工程正式开工。一九九五年黄万里悲痛写下“哭长江三峡大坝开工”诗一首：
生在江头吞海口，心忧三峡坝工久。
东来云气满巴蜀，西仰江流灌畦亩。
衍溢淫浸焊生物，含泥润溽滩涂厚。
江南江北仓廪实，溪沟遍通九州阜。
巨舸远洋直驶汉，千吨汽艇万渝走。
湘资沅澧云贵川，坡陡能丰足称首。
纵遇漏天蛟龙虐，长堤千里差堪负。
环球巨浸一何多，独此优游世罕有。
三峡谷深流亦丰，招来造坝建奇功。
拦洪发电兼添航，诏谓人间第一工。
孰料此江床满石，火成鹅卵逐流中。
巫山着意催云雨，江水亡情沙石冲。
库尾沉沦渝港塞，延伸溢岸泛涛洪。
楚王愁看移民苦，迁鲰争功胁众从。
樗散衰儒不晓机，再三抗疏议陈穷。
但闻猛虎千家哭，怅望轮台悔诏空。
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