肾的主要生理功能是藏精、主水，主纳气。由于肾藏先天之精，主生殖，为先天之本。肾气分阴阳，肾阴与肾阳能资助、促进与协调全身脏腑之阴阳，故肾又称为“五脏阴阳之本”。肾藏精，主蛰，又称为封藏之本。肾在体合骨，生髓，通脑，其华在发，在窍为耳及二阴，在志为恐，在液为唾。肾在五行属水，与自然界冬气相通应。
关于肾藏精的论述，《素问‧六节藏象论》中说：“肾者，主蛰，封藏之本，精之处也。”精气神为人之三宝；精，又称精气，是构成人体和维持人体生命活动的最基本物质，是生命之源，精藏于肾，发挥其生理效应而不无故流失。故《素问‧金匮真言论》说：“夫精者，身之本也。”精气的来源，有先天与后天，先天之精，与生俱来；后天之精来源于脾胃化生的水谷之精。身体由脾胃的运化作用从饮食物中摄取的营养物质，称为“后天之精”。
肾主生长发育和生殖，是肾精及其所化肾气的生理作用。肾藏精，精化气，肾精足则肾气充，肾精亏则肾气衰。生、长、壮、老、已等生命过程以及生殖能力，都取决于肾精及肾气的盛衰，并可以从“齿、骨、发”的变化体现出来。若肾精不足，则表现为小儿生长发育不良，五迟(站迟、语迟、行迟、发迟、齿迟)，五软(头软、项软、手足软、肌肉软、口软)；在成人则为早衰。
肾气涵有阴阳两种成分：肾阴是其中具有凉润、宁静、抑制等作用的部分，肾阳是具有温煦、推动、兴奋等作用的部分。肾阴与肾阳对立统一，协调共济；肾阴能抑制和调控脏腑的各种机能，凉润全身脏腑形体官窍。肾阴充足，脏腑形体官窍得以濡润，其功能活动得以调控而不亢奋，代谢减缓，产热减少，精神宁静内守。若肾阴不足，则会导致脏腑机能虚性亢奋。
肾主纳气，是指肾气有摄纳肺吸入的自然界清气，保持吸气的深度。人体的呼吸功能，由肺所主，但吸入的清气，由肺气的肃降作用下达于肾，若肾精亏虚，摄纳无力，则会出现呼吸表浅、动则气喘的病理表现，称为“肾不纳气”。
肾还有潜藏、封藏、闭藏之生理特性，肾的藏精、主纳气、主生殖、主二便等功能，都是肾主蛰藏生理特性体现。肾气封藏则精气盈满，人体生机旺盛，若肾气封藏失职，则会出现滑精、遗尿，甚则小便失禁、多汗、大便滑脱不禁及女子带下、崩漏、滑胎等。
肾主骨生髓，若肾精不足，便会出现小儿囟门迟闭，骨软无力，以及老年骨质脆弱，易于骨折等。髓分骨髓、脊髓和脑髓，皆由肾精化生。脊髓上通于脑，脑由髓聚而成，故《灵枢‧海论》说：“脑为髓之海。”因此，肾精充足，则思维敏捷，反之，髓海空虚，则见“脑转耳鸣，胫疫眩冒，目无所见，懈怠安卧”(《灵枢‧海论》)。
耳是听觉器官，耳的听觉功能灵敏与否，与肾精、肾气的盛衰密切相关。肾开窍于耳，《灵枢‧脉度》说：“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣。”因此，肾气虚衰，则出现听力减退，或见耳鸣，甚则耳聋。人到老年，由于肾精及肾气衰少，则多表现为听力减退。
肾主二阴，指前阴和后阴，即尿道与肠道。二阴主司二便。肾气之蒸化及固摄作用失常，则可见尿频、遗尿、尿失禁等小便异常的病证。大便失禁、久泄滑脱亦与肾气虚衰有关。
恐惧，是一种害怕的心理，与肾的关系密切。《素问‧举痛论》说：“恐则气下……惊则气乱。”恐使精气却而不上行，使肾气不能正常地布散，所以说“恐伤肾”。
五脏与自然界四时阴阳相通应，肾主冬。冬季是一年中气候最寒冷的季节，自然界的物类，静谧闭藏以度冬时。人体中肾为水脏，有润下之性，藏精而为封藏之本。同气相求，故以肾应冬。冬季养生，当早睡晚起，日出而作，以保证充足的睡眠时间，若体质阳虚，多在阴盛之冬季发病，即所谓“能夏不能冬”；若患阳虚性慢性疾病如肺病、心脏病、胃肠病、骨关节病等，则易在冬季寒冷时复发。◇ (http://www.dajiyuan.com)