研究:新软件可绘制人体蛋白的相互作用

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【大纪元4月21日讯】(大纪元记者徐真渥太华报导)借助重新设计的软件和超级计算机,渥太华的一组研究人员预计在短短6个星期内绘制出人体蛋白质之间的相互作用。这类信息可被用于制造对付疾病的药物。

人体蛋白质组有二亿五千万对蛋白质。多年来,科学家一直在试图绘制出人体内蛋白质之间的相互作用,但因技术限制而未成功。弗兰克.德娜和卡尔顿大学生物信息学实验室已经设计出了蛋白质与蛋白质相互作用预测引擎(英文缩写为PIPE)这一新软件。该软件能帮助研究人员发现更加快速,更加准确地找出这些蛋白质与蛋白质的相互作用。

德娜说:“PIPE项目的特别之处是它更精确。”他说,虽然其他项目组预测蛋白质的相互作用的准确率达到了70%,而他们组能够保持99.95%准确性。

德娜说:“这真的是为生物学家准备的,他们希望以此了解细胞的工作原理。”除此之外,生物学家可以使用此信息来创建新的药物来防治疾病。

绘制出蛋白质组的相互作用的想法听起来令人困惑。硕士研究生安德鲁.舍恩罗克将蛋白质组描述为在一张纸上的一堆点和线。每个点代表一个蛋白,这些点之间的线条代表蛋白质之间的相互作用。他说:“一旦你找到所有的线,你就有了完整的蛋白质组。”

这位26岁的研究生将原算法进行了重新设计,不但大大加快了速度而且更加准确。他还专门调整了软件代码以便能在金斯敦(Kingston)的高性能计算虚拟实验室(HPCVL)的电脑系统上运行。鉴于该软件的巨大的运算量,这个超级计算机的处理能力可使他们的工作在几周内完成,而不是几年。

此前,PIPE软件在卡尔顿大学的一台小型计算机上能很好地计算小生物的蛋白质组,但是,因为人类蛋白质组是这么大,PIPE项目组估计,在小型计算机计算人类蛋白质组要花近40年的时间。

“致力于人类蛋白质组的工作是我们小组神圣使命,” 舍恩罗克说,“人类蛋白质组一旦完成后,世界各地的生物学家都能使用它。”

(http://www.dajiyuan.com)

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