研究:新軟件可繪製人體蛋白的相互作用

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【大紀元4月21日訊】(大紀元記者徐真渥太華報導)藉助重新設計的軟件和超級計算機,渥太華的一組研究人員預計在短短6個星期內繪製出人體蛋白質之間的相互作用。這類信息可被用於製造對付疾病的藥物。

人體蛋白質組有二億五千萬對蛋白質。多年來,科學家一直在試圖繪製出人體內蛋白質之間的相互作用,但因技術限制而未成功。弗蘭克.德娜和卡爾頓大學生物信息學實驗室已經設計出了蛋白質與蛋白質相互作用預測引擎(英文縮寫為PIPE)這一新軟件。該軟件能幫助研究人員發現更加快速,更加準確地找出這些蛋白質與蛋白質的相互作用。

德娜說:「PIPE項目的特別之處是它更精確。」他說,雖然其他項目組預測蛋白質的相互作用的準確率達到了70%,而他們組能夠保持99.95%準確性。

德娜說:「這真的是為生物學家準備的,他們希望以此瞭解細胞的工作原理。」除此之外,生物學家可以使用此信息來創建新的藥物來防治疾病。

繪製出蛋白質組的相互作用的想法聽起來令人困惑。碩士研究生安德魯.捨恩羅克將蛋白質組描述為在一張紙上的一堆點和線。每個點代表一個蛋白,這些點之間的線條代表蛋白質之間的相互作用。他說:「一旦你找到所有的線,你就有了完整的蛋白質組。」

這位26歲的研究生將原算法進行了重新設計,不但大大加快了速度而且更加準確。他還專門調整了軟件代碼以便能在金斯敦(Kingston)的高性能計算虛擬實驗室(HPCVL)的電腦系統上運行。鑒於該軟件的巨大的運算量,這個超級計算機的處理能力可使他們的工作在幾週內完成,而不是幾年。

此前,PIPE軟件在卡爾頓大學的一台小型計算機上能很好地計算小生物的蛋白質組,但是,因為人類蛋白質組是這麼大,PIPE項目組估計,在小型計算機計算人類蛋白質組要花近40年的時間。

「致力於人類蛋白質組的工作是我們小組神聖使命,」 捨恩羅克說,「人類蛋白質組一旦完成後,世界各地的生物學家都能使用它。」

(http://www.dajiyuan.com)

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