【大纪元2018年05月24日讯】（大纪元记者江禹婵台北报导）教育部长吴茂昆上任后争议不断，全教总认为，吴茂昆担任东华大学校长时期，包括请假天数达六成、盗用东华大学专利开公司等，要求吴茂昆下台。教育部则澄清表示，全教总的质疑并非事实。
教育部声明共分4点。第一点指吴茂昆101年度请假160天、占全年应工作天数61.5%之事。教育部说，母数应以全年365天而非扣除周休的工作日260天，吴茂昆自101年~104年任职东华大学校长。4年合计约1,460日。4年差假总计为553天4小时（含国内外）。554天差假/1460日=0.38，吴茂昆4年校长任内的请假比率为38%；而且大学校长有许多活动都是在周末假日举行。
吴茂昆4年校长任内，真正请私人休假的日数共计为29日8小时。其他的差假皆为公差。包括国内外会议、担任评审、洽谈产学合作案等，仅5%是真正休假。
针对吴茂昆盗用东华大学专利一事。教育部澄清，绶草的应用专利，在台湾共有两次申请，（因功效应用不同，简称绶草1.0及绶草2.0），两次的专利拥有人都是国立东华大学；其中1.0已经在美取得专利权，所有人是东华大学。
不过2.0时4位发明人决定以PCT模式展开各国专利申请。一开始是以国立东华大学申请，但2015年8月遭PCT驳回。因为东华大学及4位发明人皆非PCT会员国的自然人或法人。
4位发明人遂委托具美国籍的欧阳彦堂教授为申请人，同时亦与东华大学研发处讨论后续处理及申请专利之费用核销，目前亦已经请专利律师开始办理专利拥有人移转回东华大学。 至于全教总指控吴茂昆上任后缺席课审会议。
教育部回应，事实上3次课审会吴茂昆都有参加，全教总指部长缺席第二次课审会，应为上月29日，当天早上部长于会议中，约为10时多离开，赴华山出席教育部所主办的“新南向教育展”。活动结束之后，又再回到课审会议继续开会。
对于全教总指控吴茂昆在东华大学任内溢领奖助金172万元，全案已由监察院调查，并由东华大学说明清楚。
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