【大紀元6月5日訊】生態環境系統和庫區段土地利用狀況，破壞狀況，污染狀況，以及水庫的管理和使用直接相關。
水庫開始蓄水時，生態系統由原先的流水體系轉化為靜水體系。破壞了原有河流的生態連續體系(Rivercontinuum)，使河流成為一系列連續分佈但相互分離的生態系統(Serial Discontinuity)。自然植被的破壞必將加重，森林和草地的面積會迅速減少，水土流失和水污染，緊接著就會出現水庫淤積速度加快，三峽庫區的生態環境十分脆弱。長江的環境是幾十萬年或幾百萬年緩慢形成的生態系統，如果在十多年內發生劇烈的改變，很多生物都不可能適應。據統計，到2003年，眾多水生生物、陸生植物受到三峽工程影響。
三峽又名「三園」即三峽植物園，三峽野生動物園和城市森林公園。
庫區地處中亞熱帶北部地區，是中國植物區系的核心部份，也是中國第三紀古老植物的「避難所」。據《中國植物紅皮書》記載，三峽庫區有各類植物6000多種，其中珍稀植物47種，庫區特有植物37種。直接受淹沒影響的陸生植物物種有120科、358屬、560種。庫區特有的國家重點保護植物：荷葉鐵線蕨，斷續分佈在東起萬州區、西至石柱縣西沱區沿江近100千米長，向兩岸縱深3～5千米的狹長地帶內，海拔高程局限於80～430米之間，但在海拔130～150米之間較為集中；蔬花水柏枝：僅分佈在秭歸、巴東、巫山縣的長江兩岸，海拔高程在160米上下幅度內；川明參：我國特有植物，夷陵區蓮沱是野生種原產地，分佈在海拔高程140米上下的頁岩風化石縫中，野生種已極稀少；以及國家一、二級保護植物珙桐、蓖子三尖杉等50多種將全部滅絕。三峽庫區山大坡陡，地質地貌複雜，地表土層瘠薄，且多為石灰岩、紫色土與紅壤土，保土保水能力極差，生態環境先天脆弱。上游地區森林覆蓋率由五十年代的30%–50%下降到現在的10%，湖北省內的秭歸、巴東、興山、宜昌等四縣森林履蓋率損失更大。水土流失面積達35.2萬平方公里，以秭歸縣為例，全縣40萬畝耕地中，25度以上的坡耕地高達12萬畝，占30%；全縣坍山滑坡多達500多處，乾旱、山洪、大風災害年年都有。重慶所轄的庫區水土流失面積高達1.6萬平方公里，其中強度流失占30%。更為嚴竣的現實是，這一地區有近百萬移民需易地另求生活出路，有11座縣城、114個集鎮需搬遷重建，公路、碼頭等基礎設施需復建重修。這就意味著三峽庫區脆弱的生態環境系統需作一次調整。如果連續破壞三峽庫區的生態環境狀況，那麼，無論工程本身設計怎樣先進，質量怎樣可靠，可能在若卜年以後，不僅其綜合效益會大打折扣，而且還會帶來新毀滅性的後患。
大壩建成之後，流速、水溫、河勢、泥沙等等條件的變化從整體上改變了水生生態系統的功能和結構(棲息環境、繁殖條件和餌料條件等等)，從而導致自然魚類種群的消失和產量的急劇下降。中華鱘，白暨豚濱臨滅種。
魚類的生存還取決於魚類的組成和數量，以及產卵場和攝食場的水溫和水位等因素。魚類需要回游產卵。大壩對幼魚向下回游的影響也極大。首先是幼魚通過大壩時受到的機械性傷亡，每通過一個大壩，就有百分之十一的幼魚死亡。雖然修建攔魚屏可以降低魚類的機械性損傷和死亡率，但卻增加了魚類的皮膚受傷率而使它們容易感染疾病，因此，這些魚類總的死亡率並沒有因而下降。其次，大壩增加了幼魚向下回游的時間，初步估計約需原有時間的二點七倍。延遲回游不但增加了由於水中過飽和氣所引起的死亡率，而且也增加了被其他魚類和鳥類捕食的機會，以及長時間停留在低流量水庫中所引起的疾病死亡率。研究表明，幼魚在通過大壩前後被捕食的概率可達百分之九至百分之二十一。大壩的建成改變了魚類的棲生環境，包括產卵場的喪失、魚卵孵化環境的改變、以及水溫、流速和氧氣的急劇變化，這些變化使原來土生土長的魚類種群數量下降、甚至滅種。據中國科學院三峽工程生態與環境科研項目領導小組1987年發表的報告，三峽建成後長江中游四大家魚(草魚、青魚、鰱魚和□魚)的繁殖將受到抑制。葛洲壩建成後，長江的四大家魚的產卵量也大大減少，其產卵總量僅為六十年代的百分之十五，而且產卵成魚的個體變小，群體結構已顯著改變。
三峽大壩對中華鱘的生存環境構成了毀滅性影響。中華鱘屬鱘形目鱘科，是我國現存最古老的物種之一，屬一級野生保護動物，是一種大型洄游魚類；是1.4億年前和恐龍同時代的生物，素有「活化石」之稱。它生在長江，長在大海，每年夏秋自長江口洄游至金沙江產卵繁殖，幼魚長到15厘米左右重回東海、黃海。葛洲壩工程大江截流後，阻斷了中華鱘自長江口洄游到金沙江的通道，中華鱘洄游至此即被阻隔在壩下江段。三峽大壩2003年6月蓄水、通航、發電後，使其下游中華鱘的血液循環、新陳代謝發生一定程度障礙。
白暨豚屬鯨類淡水豚類，國家一級保護動物，為我國特有珍稀水生哺乳動物，有「水中熊貓」之稱，已被列入世界瀕危物種名錄中。白暨豚分佈在長江中下游干流的湖北枝城至長江口約1600千米的江段內，以魚為食，喜結群活動，小群約2～3頭，大群約9～16頭。由於人類活動增加或活動不當，使白暨豚死亡增多。例如：被江中爆破作業致死11頭，擱淺死亡6頭；誤進水閘1頭。20世紀80年代中期調查，長江中的白暨豚總頭數已下降到200頭以下，其中50%分佈在湖北省石首縣至武漢市上游江段，主要棲息在彎曲河段或彎曲分汊河段的大回水區中。1997年11月4日～10日，由農業部組織，來自湖北、湖南、安徽、江西、江蘇、上海等6省、市的200多名科研、漁政工作者，分別在上起湖北枝城、下至上海長江口，全長1600多千米的長江干流上，實施了規模最大的「長江中下游調查白暨豚行動計劃」。經過7天的辛勤觀測表明，白暨豚現存數量不容樂觀，已不到100頭。分佈範圍也大大縮小，枝城以上江段、南京以下江段、洞庭湖和鄱陽湖內，已難以見到白暨豚的身影。十多年的時間裏，白暨豚的數量銳減近100頭，不能不引起人們的震驚。專家們分析，使白暨豚銳減的另一個主要原因是，長江水體污染日趨嚴重，魚類資源迅速減少，使白暨豚賴以生存的食物資源愈來愈匱乏。
對於三峽生態，失去的將永遠地失去，而未來的變化是難以預測的。正如中國水利水電科學研究院水環境所李貴寶博士所說，生態環境一旦破壞，恢復起來非常困難。
人類，自然是互相依存不可分割的循環整體。破壞生態就是破壞人類自己的生存環境和生命。人類不敬畏自然必然會付出致命的代價。@(http://www.dajiyuan.com)
