傳說觀音菩薩有三十三個化身，施藥觀音是其中之一。
一天，觀音菩薩來到山東登州。當時正值盛夏，天氣炎熱，一種疫病正在迅速蔓延，許多人不治身亡。慈悲的觀音菩薩見此情景，十分不忍，於是化作一個賣藥的老翁來到百姓中間。看過幾個病人後，菩薩明白了疫病的起因是人體正氣虧損而被外邪侵襲，只有藿香可以治癒。
菩薩遂到山中採集藿香，然後拿到集市上免費施捨。當地百姓雖然被疾病所困，但因為賣藥的老翁是外地人，所以也不敢貿然使用。後來，一些貧苦之人抱著死馬當活馬醫的想法，吃了老翁的藥。沒想到，病竟然好了。這樣一傳十，十傳百，人們紛紛前來求藥。許多人的生命得救了。
等到疫病完全消除，菩薩這才將法相顯露給智林寺的優曇法師，並將治療疫病的方法傳給了他。優曇法師將菩薩顯聖之事告訴了百姓，人們從心底裡感激菩薩的救命之恩，於是捐款興建了觀音廟，並供奉觀音像。所塑的觀音像手裡拿的不是楊柳淨瓶，而是一棵藥草，因此世人稱之為「施藥觀音」，以表達當地人們不忘菩薩施藥救命的恩德。
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