侯马二人 意见纷歧
侯学煜为一介书生，不谙官场技巧。但马世骏则任所长多年，在科协许多分会担任负责人职务，通晓官场奥妙。针对生态环境专业组，关于三峡工程对生态环境影响的初步结论是弊大于利，三峡工程论证领导小组在专业组长会议上，已有所了解。并且通过论证领导小组对马世骏的工作，致使马世骏的立场出现变化。
马世骏知道，把“弊大于利”的结论交上去，三峡工程论证领导小组肯定不会接受，作为组长，也就等于没有完成上级所交代的任务。但要得出领导所希望的“利大于弊”，参加论证的多数专家皆不会同意，与自己的良心也过不去。因而马世骏提议，在三峡工程对生态环境的影响是弊大于利的结论后面，补上一句，即：许多弊病是可以通过人为措施加以限制的。
对于结论的这后半句话，“许多弊病是可以通过人为措施加以限制”，侯学煜坚决不同意。侯学煜认为：
第一，在三峡工程论证中，生态环境和资源的损失并非强调得太多了，而是基本上没考虑。三峡工程论证，只是就工程论工程，很少考虑水坝可能给人民带来的祸害和灾难，更谈不上考虑三峡工程对库区，以及对整个长江流域的影响。
第二，提出的一些对策不能解决生态环境问题，所以不能说许多弊病是可以通过人为的措施加以限制。为此，侯学煜和马世骏发生了激烈争论，尔后此争论发展到不仅涉及提出的补救措施是否有效，更涉及知识分子的道德和社会责任问题。
马世骏认为侯学煜不灵活，不能变通，马世骏甚至认同钱理群的观点，认为在万不得已的情况下，一个人可以说假话，只要这个假话不会伤害第三者；侯学煜则坚持认为，许多对相关问题真正有研究、有见识的同志，应该参加而没能参加，而当初参与三峡论证，便是为了表示论证中有持不同意见的人加入。
因此专事研究生态问题的侯学煜认为，既然参加了，有看法就得表达出来，得对国家负责，对子孙后代负责。侯学煜说：
“一个人可以说错话，但不可以说假话。我讲的是真心话，对不对自有公论，也有待历史实践的检验。”
最后生态环境组上报的三峡工程对生态环境影响问题的结论是：三峡工程对生态环境的影响是弊大于利，但是许多弊病是可以通过人为的措施加以限制。侯学煜不同意这个结论，因此拒绝在论证报告上签字。
侯马相争 方子云出线
马世骏怎么也没有想到，即使在三峡工程对生态环境影响问题的结论上，做了一个违心的让步，但三峡工程可行性论证领导小组，对此结论仍旧不满意，因为他们早已在总报告中，作出了三峡工程对生态环境影响是“利大于弊”的结论。而组长马世骏和顾问侯学煜的争吵，让副组长方子云得利。
在马世骏和侯学煜僵持不下的情况下，方子云分别于一九八八年和一九八九年，代表生态环境组，向论证领导小组与大会作汇报。
一九九一年九月初，方子云出任三峡工程可行性论证生态环境二组组长，在原有资料的基础上，重新编写三峡工程对生态环境影响报告，得出了让论证领导小组、和国务院领导人都满意的结果：三峡工程对生态环境影响是“利大于弊”，此结论通过了国务院环保局的审查；此时，马世骏和侯学煜都已去世。马世骏于一九九一年上半年，死于一场至今尚未破案的车祸之中；侯学煜也于一九九一年上半年，死于北京解放军总医院。
一九九二年，方子云出版三峡工程系列丛书中《生态环境》一书，吹嘘三峡工程所谓“正面生态环境效应”，其中最著名的便是：三峡水库的形成，可使重庆夏季最高气温减低摄氏四度，气候趋于冬暖夏凉。这就是后来中国媒体所宣传的三峡工程的空调效果；然而事实上，二○○三年三峡水库形成，二○○六年夏，重庆出现历史最高温。然方子云是于一九九二年，被中共国务院授予有特殊贡献的专家，年年享受政府特殊津贴。
反间计中的间可以有五种，敌间(敌方派遣的间谍)、乡间(利用敌国人为间谍)、内间(收买敌国官吏为间谍)、死间(向敌方传递假报的间谍)，以及生间(到敌方侦探的间谍)。
方子云乃反间计中的间，是为名利而被三峡工程主上派所收买的间，既在马世骏和侯学煜主持的三峡工程对生态环境影响是“弊大于利”的论证报告上签字，又在其所主持的“利大于弊”论证结果上签字，方子云之人品、道德、学术水准可见一斑。
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